Juan Pablo Duarte nació el 26 de enero de 1813 en Santo Domingo, en un período de cambios políticos en la isla. Fue hijo de Juan José Duarte, comerciante español originario de Vejer de la Frontera, Cádiz, y de Manuela Diez Jiménez, natural de El Seibo.

A causa de la invasión de Toussaint Louverture en 1801, su familia se trasladó a Puerto Rico y regresó a Santo Domingo en 1809, tras la recuperación del dominio español.

Duarte fue bautizado el 4 de febrero de 1813 en la iglesia de Santa Bárbara. Sus primeras enseñanzas las recibió en el hogar, principalmente de su madre.

Más adelante continuó sus estudios con maestros locales, entre ellos Juan Vicente Troncoso, con quien aprendió Filosofía y Derecho Romano. Desde joven mostró interés por el estudio y la lectura.

Entre 1828 y 1829, siendo aún adolescente, viajó a Estados Unidos y a varios países de Europa, como Inglaterra, Francia y España. Se estableció en Barcelona, donde conoció nuevas ideas políticas que influyeron en su forma de pensar sobre la libertad y el gobierno de los pueblos.

Duarte regresó a Santo Domingo en 1831 y se incorporó al negocio familiar. Al mismo tiempo, participó en la vida social de la ciudad, lo que le permitió conocer el descontento existente entre la población por el dominio haitiano, iniciado en 1822 bajo el gobierno de Jean Pierre Boyer.

Durante ese período, las autoridades haitianas cerraron centros educativos y limitaron las actividades culturales. Ante la falta de educación formal, algunos intelectuales dominicanos apoyaron a Duarte con libros y orientación académica. Estas experiencias marcaron su formación y contribuyeron al desarrollo de las ideas que más tarde guiarían el proceso de independencia nacional.