Días después de los acontecimientos que terminaron derrocando al doctor Joaquín Balaguer y su posterior salida al exilio, tras asilarse 45 días en la Nunciatura, y reponiendo en el poder al Consejo de Estado encabezado por Rafael F. Bonelly, Rafael Tomás Fernández Domínguez fue ascendido a teniente coronel y designado jefe de la Base Aérea de San Isidro y sub-jefe de la Fuerza Aérea. Era un reconocimiento a sus méritos en la reposicion del Consejo de Estado. Su prestigio y su liderazgo, sobre todo entre los jóvenes oficiales, eran muy notorios.
En julio de 1962, transferido nuevamente al ejército, es enviado a Panamá a efectuar un curso especial de Comando y Plana Mayor en la Escuela de Usarcarib, en la zona del Canal. Participaron 31 oficiales, y entre ellos Rafael obtuvo las segundas mejores calificaciones.
En diciembre regresa de Panamá. Poco después conoce al profesor Juan Bosch, quién había estado 24 años en el exilio antitrujillista, y en ese momento intentaba ganar las elecciones presidenciales a celebrarse el 20 de diciembre de ese año.
El Consejo de Estado era un gobierno transitorio, y por más que se quiso torpedear las elecciones, hubo de convocarlas y fueron ganadas arrolladoramente por el profesor Bosch, pese a una feroz campaña que contra él desarrollaron la Iglesia católica, la Unión Cívica y la oligarquía. Eran las primeras elecciones democráticas después del ajusticiamiento de Trujillo y fueron ganadas por un demócrata de los pies a la cabeza.
El encuentro entre el teniente coronel y el profesor se produjo en una residencia del ensanche Ozama. Era el primer encuentro entre esos dos grandes hombres, y pronto entre ellos nació una amistad y fraternidad. Por el profesor Bosch, el militar sintió admiración y aprecio. Fue atrapado por el abundante carisma de Bosch que durante décadas cautivó a varias generaciones. De igual manera, la personalidad y el carácter de Fernández Domínguez impresionaron bastante a quién sería elegido presidente de la República Dominicana.
De ese primer encuentro Juan Bosco nos dejó este testimonio:
"En esos días Fernández Domínguez no tenía aún el grado de coronel, y debo repetir esta noche algo que inmediatamente después de esa reunión les dije a varios miembros de la dirección del Partido Revolucionario Dominicano, entre los cuales algunos deben recordarlo: que Rafael Tomás Fernández Domínguez era el dominicano que más me había impresionado después de mi vuelta al país, me impresionó su integridad, su firmeza, que se veía a simple vista como si aquel militar llevara por dentro un manantial de luz".
Y agregó:
"Fernández Domínguez se comportó esa noche muy discretamente; apenas habló, por lo demás, según pude apreciar después, él no era parlanchín, sino más bien dado a oír cuidadosamente lo que se le decía y analizar lo que oía. Esa noche me preguntó qué pensaba yo de lo que debería ser un ejército".
Esa referencia de Bosch indica a las claras la preocupación de Fernández Domínguez respecto a las Fuerzas Armadas y, sobre todo, lo que deberían de ser. Sabía que las Fuerzas Armadas dominicanas eran atrasadas y debían ser modernizadas. Sabía también que Bosch ganaría las elecciones, por lo que su opinión sobre esos aspectos era significativa.
El 20 de diciembre el profesor Bosch ganó las elecciones y el 27 de febrero se convirtió en presidente de la República.
Poco tiempo después, Rafael Tomás, que ya había sido designado en enero director de la Academia Militar "Batalla de las Carreras", se reunió con el presidente, y le volvió a hablar sobre la necesidad de modernizar las Fuerzas Armadas. Pero también le habló de la conspiración que sectores militares impulsaban para dar un golpe de Estado.
El presidente, reconociendo en él condiciones de honestidad y de organizador, le autorizó a formar un grupo de oficiales para defender el gobierno constitucional. A esa tarea se entregó, pero los militares adversos al gobierno se la ingeniaron para enviarlo a Argentina y Chile a realizar algunos cursos.
Regresa en agosto y es llamado a una reunión con el presidente. De esa reunión Bosch ofrece este testimonio: "Yo quería hablar con él de los planes para la reorganización de las Fuerzas Armadas y me dijo que le parecía conveniente esperar la llegada al país del oficial a quien consideraba como el líder natural de la oficialidad joven (se refería al coronel Hernando Ramírez. F. K.) y decidí esperar".
Pero la tarea de seguir organizando los oficiales leales al gobierno seguía. Así pasaban los días hasta que se enteró el 24 de septiembre del golpe de Estado en marcha. Se encontraba en un campo de San Francisco de Macorís cuando fue localizado. Regresó de inmediato a la capital y a eso de las diez de la noche vió al presidente que le informó de las maniobras golpistas y le pidió localizar y poner en movimiento al grupo de oficiales leales al gobierno.
Sin perder tiempo salió a cumplir con la tarea encomendada. Pero los acontecimientos se precipitaron. Pocas horas después, la plana mayor de las Fuerzas Armadas, encabezadas por su secretario, Víctor Elby Viña Román, decidió derrocar al gobierno y mantener al presidente preso en Palacio. A esa hora Fernández Domínguez trataba de reunir a sus oficiales. En los momentos decisivos pocos tienen valor para actuar. Entonces en un esfuerzo desesperado por revertir la situación le hizo llegar al presidente un papel en el que le decía: "Estamos listos para asaltar el Palacio Nacional, somos doce oficiales nada más, pero cumpliremos con nuestro deber, pedimos, sin embargo, que se le informe al Partido Revolucionario Dominicano, a fin de que desate una huelga general".
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