En la etapa final de su vida, su condición psicomotriz se vio mermada por un accidente cerebrovascular isquémico previo que le provocó paresia parcial y limitó sus capacidades funcionales cotidianas, alternando fases de desorientación con intervalos de lucidez en los que recibía a dirigentes de primer nivel, tales como el presidente Hipólito Mejía, Leonel Fernández o el cardenal Nicolás de Jesús López Rodríguez.
El 4 de julio de 2002, Balaguer fue ingresado de emergencia en la habitación 406 de la Clínica Abreu en Santo Domingo debido a un profuso sangrado estomacal provocado por una úlcera gástrica de gran magnitud. El equipo multidisciplinario a su cargo, liderado por el gastroenterólogo Fernando Contreras y el director médico Luis Rojas Grullón, implementó maniobras endoscópicas y farmacológicas de urgencia para lograr la hemostasia. Durante los estudios diagnósticos, las biopsias gástricas arrojaron resultados compatibles con una lesión benigna, aunque los análisis eran limitados por la superficie del tejido evaluado. Durante los diez días de internamiento, el paciente permaneció bajo estricta observación médica y restricción de visitas externas. Se le aplicaron sesiones de fisioterapia motriz para estimular la circulación en los tobillos y mitigar el riesgo de trombosis venosa profunda derivado del encamamiento. Hacia el viernes 12 y sábado 13 de julio, el cuadro clínico se mostraba estable: el sangrado digestivo se había detenido por completo, el paciente toleraba periodos de descanso en un sillón trasladado desde su residencia y los facultativos realizaban los preparativos formales para otorgarle el alta médica el lunes 15 de julio. Sin embargo, el severo desgaste provocado por la hemorragia, sumado a su avanzada edad de 95 años y el compromiso cardiopulmonar subyacente, precipitó un colapso súbito. A las 04:30 de la madrugada del domingo 14 de julio de 2002, los monitores cardíacos registraron un paro cardíaco mientras dormía. El personal facultativo inició de inmediato maniobras de reanimación cardiopulmonar protocolarias, las cuales resultaron infructuosas, certificándose formalmente su deceso a causa de una falla cardíaca terminal.
El fallecimiento de Joaquín Balaguer activó de inmediato los dispositivos ceremoniales del Estado dominicano. El presidente Hipólito Mejía promulgó el Decreto Núm. 532-02, declarando tres días de duelo oficial con la disposición de que la bandera nacional ondeara a media asta en todos los edificios públicos y recintos castrenses. La conmoción pública provocó la suspensión provisional de las sesiones de la Asamblea Revisora de la Constitución que debatía reformas electorales en ese momento. Siguiendo sus disposiciones personales, los restos del exmandatario fueron expuestos inicialmente en su residencia privada de la avenida Máximo Gómez número 25 sobre su propia cama y posteriormente en su féretro, donde personalidades de todo el espectro político, dignatarios religiosos y miles de ciudadanos se congregaron durante tres jornadas de velatorio. En la vivienda se oficiaron misas solemnes encabezadas por el cardenal Nicolás de Jesús López Rodríguez y el arzobispo Juan Antonio Flores.
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