El carácter contestatario y rebelde de Panguí y su oposición a la dictadura de Ulises Heureaux lo llevaron a ser apresado y desterrado en varias ocasiones, lo que le ocasionó muchos momentos de angustia a su madre, dama educada y de sociedad, hija de Miguel Lavastida Aguirre, quien fue secretario del ayuntamiento (1819) y comisionado del gobierno en el tribunal civil (1828 y 1829).
Rufino Martínez interpreta esta propensión temperamental de Panguí de la siguiente manera: «Fue la última expresión del espíritu vigoroso e independiente que caracterizó a la familia Báez». Y como un «hombre responsable y de opiniones libres”. 1
«Y un día se presenta a la puerta de su hogar un grupo de gente armada a prenderlo. Considera a tales belitres indignos de escoltarle y se niega a aceptar la intimación que le hacen. Le disparan sin lograr alterar su actitud de firmeza». 2
No fue asesinado por la oportuna intervención del gobernador Braulio Álvarez, y se encargó a otro funcionario llevarlo a la fortaleza, donde permaneció preso.
A finales de 1889 se exilió, retornó al país solo para volver a la cárcel, lo que motivó nuevamente su exilio en 1894. No volvió a regresar hasta la muerte de Lilís, cuyo cadáver fue revisado por su hermano Refugio Buenaventura Báez Lavastida, destacado médico obstetra, reconocido como el médico de los pobres y apodado en su círculo íntimo como «capitán Báez».
Insertado nuevamente en el mundo laboral, Pablo Báez se desempeñó como procurador general de la república en 1901 bajo la presidencia de Juan Isidro Jiménez, mientras su padre Damián Báez se desempeñaba como secretario de Estado de Fomento y Obras Públicas para el mismo año. Mientras ejercía como procurador, tuvo un incidente con el ministro de Justicia Genaro Pérez, debido a que este le había concedido permiso a un privado de libertad para ser visitado, amenazándole con la destitución, que luego se volvió efectiva.
Meses antes se registró un incidente con el gobernador de Santiago, Ramón Cáceres, debido al tratamiento que este había tenido hacia un privado de libertad al que había liberado, advirtiéndole que no tenía autorización para dejar en libertad a individuos que cumplían condenas en la cárcel pública de aquella ciudad. Se comprobó posteriormente que el gobernador había procedido correctamente. Es precisamente a este gobernador al que su preocupada madre Dolores Lavastida, de 76 años, le escribe una carta solicitándole interceder ante el apresamiento de su hijo de 43 años.

Dicha carta tuvo respuesta el 16 de diciembre de 1902, en la que Ramón Cáceres le responde prometiéndole dirigir una súplica al gobierno por la libertad del hijo:
Estimada Doña Lola: Su apreciada carta fecha del corriente vino a mi poder en momentos aciagos, impidiéndome los acontecimientos que han tenido lugar corresponder a ella prontamente como hubiera sido mi deseo. Antes de recibir su estimada carta me ocupaba en obtener la libertad de San Juan, pero al presentarse los sucesos que últimamente han tenido lugar, tuve que desistir de mi intento, al menos mientras no concluyeran aquellos sucesos. Ya que, para ventura del país, todo ha terminado, el amigo le promete ocuparse nuevamente de obtener la libertad de su hijo y, para el efecto, se propone dirigir particularmente una súplica al Gobierno que tenga ese fin. De lo que me conteste el Gobierno le informaré seguidamente. Mi familia le retorna sus cariñosos saludos. Para las Mellizas y la familia toda, mis afectos. Su muy afectísimo, R. Cáceres
Los acontecimientos a los que se refiere debieron ser, sin duda, los derivados del golpe de Estado efectuado por Horacio Vásquez al presidente Jiménez en abril de 1901. Vásquez ejerció como presidente provisional desde mayo de 1902 hasta 1903, tras haber disuelto el Congreso Nacional y expulsado a los seguidores de Jiménez, entre los que se encontraban su padre Damián y Panguí. El país estaba inmerso en conflictos constantes entre los horacistas y los jimenistas (bolos y coludos), pero en la misiva no queda claro la razón del apresamiento.
En 1912, Panguí comenzó a desempeñar la función de juez de la Suprema Corte de Justicia, cargo en el que permaneció doce años. Pasada la presidencia de Vásquez, volvió a ser nombrado miembro del tribunal superior hasta 1934, cuando lo jubilaron en contra de su voluntad, por lo que, siempre fiel a su espíritu contestatario, también protestó. Alegó que «todavía era un hombre y que consideraba la jubilación un acto humillante».
No obstante, el entonces presidente Rafael L. Trujillo solicitó la pensión el 27 de mayo de 1935, por considerar que había «servido con celo durante largos años diversos cargos de la judicatura nacional, que había alcanzado una edad avanzada» y que se encontraba «en mal estado de salud y estrecha situación económica».
1 Rufino Martínez, Diccionario biográfico-histórico dominicano 1821-1930, Santo Domingo, Editora
Universitaria UASD, 1971, p. 58.
2 Martínez, ídem, p. 58.
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