Nació en Ciudad Trujillo, hoy Santo Domingo, el 6 de agosto de 1862. Fue un estudiante ejemplar desde su infancia. Cursó el bachillerato en el Instituto Profesional, donde obtuvo brillantes notas bajo la dirección de profesores como Baldorioti de Castro y Francisco Álvarez. Desde su infancia fue un estudiante ejemplar, destacándose por sus buenos modales y su afabilidad, que le conquistaron el cariño de sus compañeros y de sus profesores. Cursó el bachillerato en el Instituto Profesional bajo la dirección del Lic. en Ciencias de la Universidad de Madrid y Roma, profesor Baldorioti de Castro, y el Lic. Francisco Álvarez, de la Universidad de La Habana, quienes le distinguieron por su amor al estudio, siempre conquistando las mejores notas.
Desde que estudiaba el bachillerato, demostró especial vocación por la ciencia y, en 1882, inició sus estudios de medicina, logrando en todos los cursos altas notas. En el Instituto Profesional fue también licenciado en Farmacia y se le otorgó el exequátur firmado por el presidente Fernando Arturo de Meriño. Se graduó como Lic. en Medicina el 16 de enero de 1887, y el mismo año se le expidió el exequátur. Contrajo matrimonio durante esos años con la distinguida señorita Carmen Meyreles Simonis.
Presentó su tesis: «Higiene de las enfermedades del aparato respiratorio». Fue un trabajo muy bien realizado y que gozó de gran aceptación. Esa tesis fue dedicada a sus profesores los doctores José Alfonseca y Carlos Arvelo. Se quejaba en la introducción de ese trabajo de la terrible falta de higiene y cuidados, sobre todo en las personas más pobres. Decía que su triste experiencia personal le había motivado la realización de esa investigación. Cursó estudios de posgrado durante un año, de Bacteriología, en París, en el Instituto Pasteur, bajo la dirección del jefe de Laboratorio La Veran, en el año 1901.
Director y Administrador del Hospital Civil y Militar «Mercedes», Puerto Plata, durante diez años a partir de 1888; Médico Director del Hospital «Ricardo Limardo», Puerto Plata, durante seis años, a partir de 1888; Médico de Sanidad Marítima de Puerto Plata, 1889; Jefe de Sanidad del Distrito de Puerto Plata, 1909. Médico de Sanidad Marítima y Médico Legista, Puerto Plata, 1915; Médico de la Cárcel Pública, Puerto Plata, 1916; Médico Legista y de la Cárcel Pública de Puerto Plata, 1918; Médico de Cuarentena, Puerto Plata, 1920; Médico de Sanidad Marítima, Puerto Plata, 1941. Médico del Ferrocarril Central Dominicano, 1912-22. Recibió diploma de Licenciado en Farmacia del Jurado Médico Dominicano, 1882. Miembro del Jurado Examinador en Farmacia, 1884. Miembro honorario de la Sociedad Unión Puertoplatense, por servicios médicos prestados en el Hospital «Mercedes», 1892; Presidente de la Junta Provincial de Sanidad de Puerto Plata, 1912. En 1921, el Ayuntamiento de Puerto Plata dispuso que se diera el nombre del doctor Zafra a una de las calles de la ciudad y a una de las salas del Hospital «Ricardo Limardo», por servicios prestados a dicho establecimiento; en 1937, el mismo Ayuntamiento proclamó al doctor Zafra como Hijo Adoptivo de Puerto Plata, en ocasión de celebrar sus bodas de oro profesionales. Actualmente, médico de Sanidad Marítima de Puerto Plata.
En 1944 y en el marco de la celebración del Congreso Médico del Centenario, se le dedicó ese evento, resaltando que era el médico con mayor tiempo de ejercicio profesional en el país.
Hasta la hora de su muerte en 1953, y a pesar de su avanzada edad, se mantuvo activo como médico del Departamento de Accidentes del Trabajo de la Caja de Seguros Sociales en Puerto Plata.
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