A la hora en que el presidente era derrocado y apresado había un coronel tratando de evitar la caída del Gobierno. Se trataba de Rafael Tomás Fernández Domínguez, un oficial patriota y leal al presidente y a la constitución. Se encontraba prácticamente de manera desesperada tratando de contactar a un reducido grupo de militares que se habían comprometido con él a defender el gobierno ante la eventualidad de un golpe de Estado.
Rafael era un militar académico, bien formado y apegado al criterio de que las Fuerzas Armadas debían ser obedientes al poder civil. El presidente conocía de sus ideas y confiaba en él. Entre ellos se había desarrollado una buena amistad y en diferentes ocasiones habían conversado sobre la modernidad y apoliticidad de las Fuerzas Armadas.
Meses atrás el presidente le había hablado de los aprestos golpistas y le había solicitado organizar un grupo de oficiales leales a la constitución. Por eso, la tarde del 24 de septiembre, conocedor de lo que se tramaba, el presidente reclama su presencia urgente. No fue fácil localizarlo. Después de muchas averiguaciones se supo que estaba en un campo del Cibao, y entonces el presidente ordenó que se utilizara un helicóptero para trasladarlo al Palacio Nacional. Pero desgraciadamente no fue sino hasta las diez de la noche cuando pudieron verse.
El presidente informó a Fernández Domínguez de lo que ocurría, y le pidió contactar inmediatamente y movilizar a los militares comprometidos a actuar precisamente en una situación como la existente. Pero en verdad disponía de muy poco tiempo para esa tarea. De todas maneras, salió a contactar a los militares comprometidos a evitar un golpe de Estado. Pero varios de ellos se le negaron. No veían perspectivas de triunfo en un contragolpe. Solo pudo reunir doce hombres dispuestos prácticamente a inmolarse.
Así, en la madrugada del 25, el presidente recibió un mensaje del coronel Fernández Domínguez que decía: “Estamos listos para asaltar el Palacio; somos doce oficiales nada más, pero cumpliremos nuestro deber. Pedimos, sin embargo, que se le informe al Partido Revolucionario Dominicano a fin de que se desate una huelga general”. Sin duda, se trataba de un suicidio que el presidente no iba a permitir. Los golpistas controlaban las diferentes posiciones de mando y no era verdad que doce oficiales, por más patriotas y valientes que fuesen, podían hacerles frente con éxito. Cualquier intento de tomar el Palacio hubiese conducido a un baño de sangre inútil. Y así se lo hizo saber el presidente al coronel Fernández Domínguez.
La mañana del 25 de septiembre reinaba la incertidumbre en la República Dominicana. Los rumores daban cuenta de que el presidente había sido derrocado y se encontraba prisionero en Palacio. A las 7 de la mañana los golpistas informaron a la nación que efectivamente el cuartelazo era un hecho. Recurrieron a argumentos pueriles como el de que Bosch había sido derrocado “por su desprecio a la Constitución y a los derechos humanos y por su incapacidad para combatir el comunismo”.
Esos argumentos, evidentemente, no convencían a la población que indignada trató de iniciar algún tipo de protestas. Pero a esa hora ya los golpistas había formado una Junta Militar encabezada por el general Viñas Román y dominaban la situación.
En tanto, convencido el presidente de que en el país no había fuerza militar ni política capaz de impedir el golpe, trató de comunicarse con algunos presidentes amigos. Aquella mañana llamó y habló con los presidentes de México, Venezuela y Costa Rica. Les explicó la situación y les pidió que presionaran a los golpistas a fin de deponer sus actitudes. Pero, por supuesto, todo fue en vano.
Al principio la Junta no sabía que harían con él. Finalmente decidió enviarlo al exilio. Al parecer en ellos prevaleció la idea de que tenerlo en el país era bastante peligroso. Pero la mecha de la discordia había sido prendida por ellos y no había forma de apagarla, ni estando Juan Bosch en el país ni en el exilio. Esa mecha debía estallar en cualquier momento, como efectivamente estalló apenas dos meses después, cuando un grupo de jóvenes del 14 de Junio, encabezados por su líder Manuel Aurelio Tavárez Justo se sublevó en Las Manaclas pidiendo el retorno del Gobierno constitucional.
Y estallaría también el 24 de abril de 1965 cuando militares constitucionalistas se lanzaron a derrocar al Gobierno de facto encabezado por Donald Reid Cabral y a pedir la vuelta sin elecciones a la presidencia del profesor Juan Bosch.
El 28 de septiembre, en horas de la noche, a bordo de la fragata Mella, junto a su esposa, doña Carmen, que encontrándose en Puerto Rico regresó inmediatamente para estar junto a su esposo en esa hora difícil, Juan Bosch inicia el camino de su segundo exilio. Con ellos iba, también con su esposa, a solicitud del propio Bosch, el general Antonio Imbert Barrera. Pero el presidente, antes de salir del Palacio, escribió un mensaje al pueblo dominicano, que fue publicado en los diarios nacionales y que sirve para conocer el pensamiento y el carácter de ese dominicano demócrata, patriota, ilustre e incorruptible.
“Al pueblo dominicano:
Ni vivos ni muertos, ni en el poder ni en la calle se logrará de nosotros que cambiemos nuestra conducta. Nos hemos opuesto y nos seguiremos oponiéndonos siempre a los privilegios, al robo, a la persecución, a la tortura. Creemos en la libertad, en la dignidad, y en el derecho del pueblo dominicano a vivir y a desarrollar su democracia con libertades humanas. Pero también con justicia social. En siete meses de gobierno no hemos derramado una gota de sangre ni hemos ordenado una tortura, ni hemos aceptado que un centavo del pueblo fuera a parar a manos de ladrones. Hemos permitido toda clase de libertades y hemos tolerado toda clase de insultos, porque la democracia debe ser tolerante, pero no hemos tolerado persecuciones, ni crímenes ni torturas, ni huelgas ilegales, ni robo, porque la democracia respeta al ser humano y exige que se respete el orden público y demanda honestidad. Los hombres pueden caer pero los principios no. Nosotros podemos caer pero el pueblo no debe permitir que caiga la dignidad democrática. La democracia es un don del pueblo y a él le toca defenderla. Mientras tanto, aquí estamos, dispuestos a seguir la voluntad del pueblo. Juan Bosch, Palacio Nacional, 26 de septiembre de 1963”.