Al otro día, solo al otro día, lo que se inició contra todo el movimiento fue una cacería brutal, que llevó a la cárcel a Manolo y Minerva. Ocurrió que Andrés Norman, un calié residente en el batey Las Pajas, del Ingenio Consuelo, quien había logrado infiltrase en el movimiento, comunicó al Servicio de Inteligencia Militar (SIM) que dirigía el siniestro Johnny Abbes lo se estaba fraguando.
El 13 de enero Manolo cayó preso en Montecristi. Fue llevado a la cárcel la 40 donde, como todos los presos, fue humillado y torturado. Leandro Guzmán fue apresado el 19 y, el 21 se llevaron a María Teresa en Conuco. Nadie se salvaba de la furia del tirano. En esos días, los esbirros, encabezados por Alicinio Peña Rivera, ocuparon y dinamitaron la casa de Pedro y Patria en Conuco. El turno de Minerva llegó el 21. Estaba en Montecristi en la casa de sus suegros cuando al mediodía los guardias llegaron por ella. No fue ni podía ser una sorpresa para ella. Si todos habían caído ella debía saber que irían por ella, sobre todo, que había tenido problemas directos con Trujillo y era bien conocida su animadversión al tirano. La llevaron primero a la Fortaleza San Luis de Santiago, y luego al infierno de la 40. Era su tercera prisión y no sería la última. Allí se encontró con Violeta Ortega, María Teresa, Sina Cabral, Dulce Tejada, Miriam Morales y Asela Morel. Todas fueron interrogadas y humilladas. Lo que le hicieron a Sina fue desgarrador. En una ocasión la desnudaron frente a los compañeros que también estaban esposados y desnudos. Pero éstos, indignados, hicieron un muro humano para taparla y así proteger su dignidad.
La represión desatada espantó la conciencia nacional, de forma tal, que hasta la Iglesia Católica, que había sido un importante soporte de Trujillo, produjo una Carta Pastoral, que condenaba los apresamientos indiscriminados y, pedía respetar los derechos ciudadanos y evitar el derramamiento de tanta sangre. Esa acción era, sin duda, una victoria, si se quiere la primera, del movimiento. La respuesta de Trujillo fue evasiva. La represión siguió como el primer día.
Aislados en la cárcel ni Manolo ni Minerva ni ninguno de los presos, que se contaban por cientos, supieron de esa Carta Pastoral. La noche del 3 de febrero trasladaron a Minerva y a sus compañeras a la cárcel la Victoria. Allí ya tenían a Manolo. Por su reciedumbre y firmeza ante las múltiples torturas, Manolo se había ganado el reconocimiento y la admiración de los presos, convirtiéndose a partir de ese momento en el líder del Movimiento. En la mañana siguiente, las mujeres, empezaron a cantar el Himno Nacional. Era una manera de animar y levantar la moral a sus compañeros. Así lo hicieron las mañanas del 5 y el 6, pues el 7 fueron liberadas. Trujillo consideró negativo para su imagen mantener presas a mujeres por razones políticas.
Minerva y María Teresa y regresaron a Conuco, donde las esperaban su hermana Dedé y su madre, doña Chea, y una buena multitud. Ese fin de semana, en la iglesia de Conuco, los padres agustinos tuvieron el coraje de celebrar una multitudinaria misa de acción de gracia por su liberación. Luego se hizo un vía crucis de Tenares a Salcedo a pies, al cual también asistió mucha gente, que parecían perder un poco el terror. Enfurecido con esos padres por su solidaridad con las Mirabal, el tirano los deportó. Pero el conflicto con la Iglesia siguió agudizándose. El seis de marzo otra Carta Pastoral, leída como la anterior en todas las iglesias, sacudió el país. En ella la jerarquía eclesiástica, además de reiterar su defensa de los derechos humanos y de pedir el cese del terror, solicitaba la libertad de los presos políticos.
En esta ocasión, la respuesta del Jefe fue directa y agresiva. Empezó a reprimir y atemorizar a figuras importantes de la iglesia. Fue lo que ocurrió con los obispos O Reilly de la Vega y Panal en San Juan de la Maguana. De igual manera, numerosos sacerdotes y monjas fueron víctimas de la violencia trujillista. En fin, Trujillo cometió el error de convertir el cuestionamiento de la iglesia en una lucha a muerte. El tirano parecía perder la habilidad que le caracterizó por años. ¡Ay del gobernante que pierde la astucia, la habilidad y el buen juicio!
El tirano estaba furioso y no se detenía ante nada ni nadie. Eso explica que el 18 de mayo volvieran a encarcelar a Minerva, a María Teresa y a Sina Cabral. Las llevaron otra vez al infierno de la 40 donde permanecieron once días. Era la cuarta prisión de Minerva y esta vez sería su última. Luego las llevaron a la Victoria, donde estaban Manolo y Leandro. En esos días, evadiendo las miradas de los guardias, Minerva le escribió una cartita a Manolo cuyo primer párrafo decía: “Amor, no estés triste, que nosotras estamos bien, cerca de ustedes. Recuerda, podrán separar nuestros cuerpos, pero no nuestros espíritus. Soportamos bastante bien los 11 días en La 40. ¿Cómo estás? Qué ansiedad de saber noticias tuyas, ¿Cómo están nuestros familiares? Qué pena tenemos todos. Hay que anestesiar sin embargo todas esas espinas que tenemos clavadas en el corazón”.
En la Victoria fueron recluidas junto a presas comunes. Allí Minerva siempre proyectó optimismo y aliento a sus camaradas. Estuvieron en esa cárcel tres meses, largos tres meses. Fueron juzgadas y condenadas a cinco años de “trabajos públicos por atentar contra la seguridad del Estado”. En apelación, la pena fue rebajada a tres años. Al final, el ocho de agosto, las presiones de la OEA, surgidas a raíz del fallido atentado contra el presidente venezolano Rómulo Betancourt, obligaron al tirano a excarcelar a las mujeres. Manolo y Leandro permanecieron presos. Y seguirían presos cuando el 25 de noviembre las hermanas Mirabal fueron asesinadas por el SIM, por órdenes directas de Trujillo, cuando regresaban de ver a sus maridos, que habían sido trasladados a la cárcel de Puerto Plata como parte de la trama que se urdía contra las hermanas Mirabal.