En Venezuela Duarte encontró un ambiente poco favorable a la causa dominicana. Se había desatado una guerra civil que mantenía a esa nación en la inestabilidad y con escasos recursos económicos. Aún así hizo todo cuanto pudo para sensibilizar al gobierno venezolano respecto a la perentoria necesidad de ayudar al movimiento restaurador dominicano. Se reunió inclusive con el presidente Desiderio Trías, a quien expuso con detalle la situación de la República Dominicana. Le prometió una ayuda que en realidad nunca llegó.
Mientras tanto, en el país las contradicciones en las filas restauradoras, habían llevado nada menos que al fusilamiento del presidente Pepillo Salcedo por órdenes del general Gaspar Polanco, quien pasó a ser el nuevo mandatario. Este solo pudo durar en el poder unos cuantos meses, porque a su vez fue derrocado. Para Duarte esas pugnas eran muy preocupantes, porque abrían el camino a la inestabilidad y la anarquía, lo cual era sumamente dañino para la salud de la República.
El 7 de marzo de 1865 escribió una carta al Gobierno Provisional expresando que con el cambio de gobierno ocurrido en octubre en Santo Domingo cesaban sus funciones como representante oficial de la República ante el gobierno venezolano. En esa extensa carta reafirmó sus ideas sobre la independencia dominicana. He aquí algunos párrafos de aquella carta:
“…No he dejado ni dejaré de trabajar a favor de nuestra Santa Causa haciendo por ella como siempre más de lo que puedo, y si no he hecho hasta ahora todo lo que debo y he querido, quiero y querré hacer siempre en su obsequio, es porque nunca falta quien desbarate con los pies lo que yo hago con las manos.
Por la nota 26 de octubre, No. 10, quedo impuesto de las razones del Gobierno respecto de su conducta con los traidores, y no puedo menos que decir a Ud. que mientras no se escarmiente a los traidores como se debe, los buenos y verdaderos dominicanos serán siempre víctimas de sus maquinaciones. El gobierno debe mostrarse justo y enérgico en las presentes circunstancias o no tendremos Patria y por consiguiente libertad ni independencia nacional…
En Santo Domingo no hay más que un pueblo que desea ser y se ha proclamado independiente de toda potencia extranjera, y una facción miserable que siempre se ha pronunciado contra esa ley, contra ese querer del pueblo dominicano, logrando siempre por medio de sus intrigas y sórdidos manejos adueñarse de la situación y hacer aparecer al pueblo dominicano de un modo distinto de cómo es en realidad; esa fracción o mejor diremos esa facción ha sido, es y será siempre todo menos dominicana…
Ahora bien, si me pronuncié dominicano independiente, desde el 16 de julio de 1838, cuando los nombres de Patria, Libertad, Honor-nacional se hallaban proscritos como palabras infames, y por ello merecí en el año 43 ser perseguido a muerte…si después en el año 44 me pronuncié contra el protectorado francés…mereciendo por ello todos los males que sobre mí han llovido; si después de veinte años de ausencia he vuelto espontáneamente a mi patria a protestar con las armas en la mano contra la anexión a España llevada al cabo a despecho del voto nacional por la superchería de ese bando traidor y parricida, no es de esperarse que yo deje de protestar ( y conmigo todo buen dominicano ) cual protesto y protestaré siempre no digo tan solo contra la anexión de mi patria a los Estados Unidos, sino a cualquiera otra potencia de la tierra, y al mismo tiempo contra cualquier tratado que tienda a menoscabar en los más mínimo nuestra independencia nacional y cercenar nuestro territorio o cualquiera de los derechos del pueblo dominicano…”
Esas líneas revelan con claridad el pensamiento de Duarte frente a las pugnas desatadas con furia en la misma guerra restauradora y su rechazo a ellas, reafirmando en todo momento que su único interés es luchar por la independencia de la patria.
Ante la imposibilidad de imponerse, España al fin comprendió que debía marcharse del territorio dominicano. El 12 de julio de 1865 inició la evacuación de sus tropas. Aquel fue, como el 27 de febrero de 1844, un día glorioso para los dominicanos. Pero junto con el triunfo de las armas restauradoras, lo que se inició en la República Dominicana fue unas pugnas que desgarraban la nación.
Duarte no estaba dispuesto a participar en ellas. A diferencia de los jefes restauradores, a él no le motivaba el deseo de mandar ni de ser parte del poder. En su alma no había cabida para esas terribles pugnas.
Ahora, restaurada la independencia, retornó a su aislamiento. Se quedó en Venezuela rumiando su soledad y viviendo junto con sus hermanas en medio de penurias económicas, pero lejos de las luchas de los caudillos que sólo deseaban llegar al poder.
Así, en medio de la soledad y del olvido, transcurrió una década hasta que al fin alguien se acordó de él. Fue el presidente Ignacio María González, quien le escribió una carta pidiéndole volver a la patria. Esa carta no despertó en él deseo de volver ni buena esperanza. El propio presidente fue derrocado poco después y la feria levantisca continuó con más bríos.
Envejecido, agotado, enfermo y viviendo en la pobreza, lo único que le quedaba era esperar resignado su muerte. La madrugada del 15 de julio de 1876, a la edad de 63 años, el patricio cerró para siempre sus ojos. Solo en aquel momento pudo terminar su prolongado martirio.