Luego del cierre de la Universidad en 1822, monseñor Fernando de Meriño potenció de nuevo la enseñanza a través del Colegio de San Fernando y del Seminario Santo Tomás de Aquino. De inicio la formación impartida era básicamente religiosa para seminaristas, pero en 1869 decidió activar las clases de medicina. El entonces presidente de la República, Buenaventura Báez, dotó de los recursos al seminario para abrir una catedra de medicina y otra de derecho. Esa catedra de medicina estuvo dirigida por el doctor Manuel Durán. La catedra de derecho no se pudo llevar a cabo.
El doctor Durán nació en Venezuela y fue el médico de Buenaventura Báez en el tiempo en que residió en aquel país hermano y por su invitación vino a nuestro país en 1864. El 25 de julio de 1870 los estudiantes, 21 en total, presentaron examen sobre las materias correspondientes que eran Higiene pública y privada, anatomía general y descriptiva, osteología, miología, neurología, angiología, esplacnología y sindesmologia. Para la época 21 estudiantes eran muchos, que se puede explicar por la falta que hacia la formación de médicos en un país con grandes carencias y muchos médicos empíricos. Algunos de los médicos militares españoles que vinieron durante las campañas de los años 1863 al 1865 se quedaron a trabajar en el país, pero eran claramente insuficientes. El segundo examen de esa promoción se llevó a cabo el 31 de julio de 1871, quedando ya 14 de los 21 estudiantes originales, ya que siente habían abandonado los estudios. Ese examen verso sobre la fisiología en todas sus partes y la cirugía incluyendo el manejo de las fracturas.
Los exámenes eran anuales y se aprobaba el año completo. No existía la división por materias o semestre. El tercer examen se llevó a cabo el 6 de agosto de 1872 y se presentaron solamente 9 estudiantes. Esos estudiantes, esforzados y aplicados, presentaron sus exámenes sobre cirugía en todas sus partes, patología general y patología interna. Para el cuarto examen que se llevó a cabo el 28 de agosto de 1873 se presentaron 8 alumnos, ya que el estudiante Miguel Román se había marchado a Paris a terminar sus estudios. Las materias que examinaron fueron patología especial, terapéutica, moral médica, medicamentos tónicos, astringentes, alterantes, irritantes, emolientes, vomitivos y purgantes.
El quinto año realizaban estudios y prácticas en el hospital militar y al final se celebró un acto en los salones del Seminario Conciliar. El acta de dicho encuentro se refería a la fecha de 14 de septiembre de 1874 como fecha de finalización de los estudios. Al inicio de ese acto asistió el presidente de la República, los ministros de justicia e instrucción, así como el presidente de la Junta Superior de Estudios. De igual forma se encontraban presentes el rector del Seminario, el vicario del Arzobispado, el presidente de la Suprema Corte de Justicia, el director del Hospital Militar, el fiscal, el cura de la catedral y el catedrático de medicina, el doctor Manuel Durán. Luego de un acto protocolar, los alumnos iniciaron el examen de su último curos a las 10 y media de la mañana y finalizaron a la una y media de la tarde. Luego de verificar los exámenes y la discusión pertinente por las autoridades, el presidente de la Junta Superior de Estudios informó a los estudiantes que habían aprobado y que estaban aptos para recibir sus correspondientes títulos. Los alumnos fueron Juan Fco. Alfonseca, José María González, José de Jesús brenes, Pedro Garrido, Silvestre Aybar, Marcos Gómez, Jacinto Marrero e Higinio Díaz. Recibieron sus títulos como licenciados en medicina el 26 de septiembre de 1874.