En 1938, una misión militar estadounidense fue invitada a Haití por el Gobierno. Integrada por los coroneles Weems, Leo A. Bessette y F.J. Dumont. El coronel George Hatton Weems (general de brigada en septiembre de 1942) estructuró la nueva Escuela Militar de Haití como un West Point adaptado al país. Por su destacada labor, el general Weems recibió la Orden de Honor y Mérito del presidente de Haití.
Algunos oficiales fueron admitidos en los cursos avanzados de infantería en Fort Benning, Georgia (EE.UU.). Otros fueron entrenados en el Instituto Tuskegee, Alabama (EEUU), para el combate aéreo, desde febrero de 1943 hasta abril de 1944. En noviembre de 1943, la Escuela Militar de Haití fue bautizada Academia Militar de Haití. El mayor Antoine Levelt fue el primer director haitiano de la institución. La palabra Academia circulaba en los círculos militares desde septiembre de 1943 (C. Mervilus). Como la mayoría de las instituciones nacionales, la Academia cambió de sede en tres ocasiones. Tendrá sus propias instalaciones en 1952, bajo el gobierno del general Paul E. Magloire. En octubre de 1921, cuando se inauguraba la Escuela Militar, el teniente haitiano Démosthène Pétrus Calixte era asistente del primer director estadounidense (commanding officer), mayor Selden B. Kennedy.
En abril de 1963, el presidente -vitalicio a partir de junio de 1964- Dr. François Duvalier era lo suficientemente fuerte como para bloquear el avance nacional por tres generaciones. La coordinación entre el atentado contra sus hijos y los asesinatos de decenas de oficiales durante el día 26 nos invita a suponer que ya existían listas de uniformados por eliminar. «Lo que Trujillo no hizo en la República Dominicana, Duvalier lo hizo en Haití. Expulsó a la misión militar estadounidense. Como es sabido, el control policial-militar de los haitianos no dependía de las fuerzas regulares creadas y adoctrinadas por Estados Unidos, sino de una fuerza especial conocida como los Tonton Macoutes (legalmente, Voluntarios de la Seguridad Nacional), leales al dictador, que perseguían implacablemente a los opositores dentro y fuera de Haití» (Bernard Diererich y Al Burt).
En 1963, el coronel Robert D. Heinl Jr. recibió órdenes del presidente François Duvalier de abandonar el país. Heinl era el jefe de la misión militar naval estadounidense (1959-63). Estaba preocupado por los atropellos cometidos por la milicia de Duvalier. Todos los oficiales haitianos (unos sesenta en aquel momento…) que recibieron formación o eran considerados cercanos a la misión de Heinl fueron obligados a exiliarse (los afortunados) o fueron eliminados físicamente. Las puertas de la Academia Militar de Haití permanecieron cerradas desde el 22 de septiembre de 1961 hasta la muerte del presidente François Duvalier (abril de 1971). Mientras los cadetes de 1971 estaban en formación, a partir del 30 de agosto de 1971, el director de la Academia, coronel René Prosper, planteó con la jerarquía la capacitación de oficiales para la fuerza aérea y la marina, como se hace en la República Dominicana. Oficial de rectitud ejemplar, se le considera el padre de la modernización de la formación militar en Haití. Estructuró pacientemente el mantenimiento de las competencias civiles y militares, para supervisar varias promociones de cadetes. A pesar de las dificultades de la época, el coronel René Prosper consiguió colocar la Academia Militar de Haití entre las instituciones hemisféricas más relevantes. A principios de la década 1980-90, hubo un programa de intercambio entre West Point y la Academia Militar de Haití. West Point enviaba 2 cadetes a Haití cada año y Haití hacía lo mismo.
Testimonio de un cadete de la Clase de 1982-84): El discurso de bienvenida de los futuros instructores, al bajar del autobús, se convertiría rápidamente en: ¡Fuera, idiotas! ¡Volved a casa, idiotas! ¡Abajo! Etc. […] Este día de bautismo de fuego estuvo marcado por los vómitos, el llanto, las heridas en los codos y las rodillas y los arrepentimientos. Hacia las once y media de la mañana, nos llevaron a los dormitorios, nuestros nuevos hogares […], (J.R. Joazile).
La última clase de cadetes militares se graduó en la Academia el 17 de noviembre de 1993. Poco después, se transformó en centro de formación de la Policía Nacional de Haití.