Se ha sostenido que Puerto Plata en el siglo XVI era un pueblo agrícola y ganadero. No hubo explotación minera.
El 20 de diciembre de 1503, se estableció en La Española la esclavitud y el régimen de las encomiendas.
Durante su largo gobierno hizo importantes obras públicas de la isla. Fue un gran constructor.
Basó la economía en la explotación minera y el sector agropecuario.
En la villa de Puerto Plata funcionó la agricultura y la ganadería.
Durante el gobierno de Ovando existió en la villa de Puerto Plata algunos de los entretenimientos y divertimientos. Donde se celebraban fiestas y demás celebraciones ocurridas en Castilla.
En 1505 se descubrió en la villa de Puerto Plata una mina de cobre y fue explotada la misma. No hubo el éxito desead.
Ovando dio comienzos a la vida urbana en América.
El frey Nicolás de Ovando mandó a construir un Camino Real que comunicara a Puerto Plata con Santiago y La Vega Real, en el año 1505.
Ovando instruyó para que se dispusiera de la construcción de edificios de piedra rústica y ladrillo.
En 1508 se dio inició en Santo Domingo, a la industria del ladrillo y de la teja.
El alimento principal de los descubridores y posteriormente de los colonizadores era la harina de trigo; así como los alimentos indígenas: la yuca, el maíz, la batata, el aje, etc. España dotó en 1508 a Puerto Plata de su escudo.
El 10 de julio de 1509, hizo su arribo a La Española Diego Colón, quien había sido designado como Gobernador, en sustitución de Nicolás de Ovando.
El 5 de octubre de 1511, es creada la Real Audiencia, siendo sus primeros jueces: Ortiz de Matienzo, Lucas Vásquez de Ayllón y Marcelo de Villalobos. Este fue un tribunal para conocer de las apelaciones del gobernador.
El 21 de diciembre de 1511, pronunció Antonio de Montesino su famoso sermón en donde denunció la explotación de que eran sometidos los indios en el trabajo.
La parroquia de Puerto Plata se construyó en 1512.
En la isla de la española se establecieron por vez primera los Obispados y la ciudad de Puerto Plata perteneció al Obispado de La Concepción de La Vega.
De acuerdo con el historiador Emilio Rodríguez Demorizi, la primera casa de piedra que se construyó en la villa de Puerto Plata ocurrió en el gobierno de Diego Colón, en 1512, que la construyó allí Francisco de Caballos.
En 1520 los señores Licenciado Lucas Vásquez de Ayllón y Francisco de Ceballos, edificaron un ingenio en Puerto Plata.
La industria del azúcar su inició en Puerto Plata, durante el gobierno de los Padres Jerónimos.
En 1520 estaban establecidos tres ingenios, movidos por fuerza hidráulica, siendo sus propietarios los señores: Lucas de Vásquez de Ayllón, Diego de Morales y Francisco de Ceballos.
Posteriormente existieron otros dos ingenios, el primero de los señores: Francisco de Barrionuevo y Fernando de Illesca; y, el segundo, de: Sancho de Monasterio y Joan Aguilar.
Además, de producirse azúcar en Puerto Plata, la economía dependía de los hatos.
Fray Bartolomé de las Casas edificó el Convento de San Pedro Mártir, en 1526, que de acuerdo con el Dr. José Augusto Puig Ortiz: “Edificado en las mismas faldas de Isabel de Torres, a él se llegaba, desde el oeste, por una cuesta llamada de Las Angustias. Levantado en un altozano, frente a la esquina noroeste del actual Cementerio, desde él se dominaba la bahía y la ciudad, de la cual constituía su limite sur, aislado, por las vías y lobreguez de entonces y por los pocos vecinos que tenía la villa originalmente pues no pasaban de veinte” (Por el patrimonio histórico—cultural de Puerto Plata. Santo Domingo, R. D., Editora del Caribe, C. por A., 1969, página 12)
En 1555 sucedió el primer ataque de corsarios a Puerto Plata.
La segunda fundación de Puerto Plata se inició el 26 de julio de 1736 con canarios,
La Independencia Nacional en 1844
En Puerto Plata funcionó una célula de la sociedad secreta La Trinitaria, fundada el 16 de julio de 1838 presidida por el Padre Manuel González Regalado, que aglutinó a varios puertoplateños que lucharon contra el yugo haitiano. Los puertoplateños participaron muy activamente en el Movimiento del 27 de Febrero de 1844. Ya proclamada la Independencia Nacional, los trinitarios hicieron los contactos necesarios con las células que tenían funcionando en el país, para su pronunciamiento de cada pueblo en apoyó al movimiento independentista de 1844. Puerto Plata se pronunció a favor de la Independencia Nacional, el 14 de marzo de 1844, encabezado por el Padre Manuel González Regalado, junto a Pedro Eduardo Dubocq, Telésforo Pelegrín, José Tejera y otros.
La primera Constitución y el representante de Puerto Plata
El 24 de septiembre de 1844, los Constituyentes se reunieron en San Cristóbal, que redactaría nuestra primera Constitución política de la República Dominicana. Se eligieron 12 diputados.
El representante de Puerto Plata, lo fue el Diputado José Tejera. Dicha Constitución fue promulgada el 6 de noviembre de 1844. Los Constituyentes de San Cristóbal, eligieron como presidente de la República, al general Pedro Santana Familia. El primer presidente de la República constitucional (elegidos en elecciones), lo fue Manuel Jimenes, en 1848.
Primera Ley No. 32 del 1845, sobre Ayuntamientos
El 5 de mayo de 1845 entró en vigencia la primera ley sobre los Ayuntamientos, marcada con el número 32. La misma contenía 33 artículos.
Ley No. 40 del año 1845, sobre administración de provincia
Cuando se dictó la ley No. 40, de fecha 9 de junio de 1845, sobre la administración de Provincia, Puerto Plata adquirió la categoría de Común de Santiago de los Caballeros.
De acuerdo con el artículo primero de la ley de marras, esta dice: “El territorio de la República Dominicana se divide en cinco provincias, según lo tiene determinado la constitución, a saber: Compostela de Azúa, Santo Domingo, Santa Cruz del Seybo, Concepción de La Vega y Santiago de los Caballeros”.
Según el artículo 6 de la aludida ley: “La provincia de Santiago de los Caballeros se subdivide en cuatro comunes: Santiago (cabecera de provincia), Puerto Plata, Monte Cristi y San José de las Matas”.