En dicha graduación cae preso, por negarse a recibir su título de manos del dictador Rafael Leónidas Trujillo, quien se desempeñaba como Presidente de la República Dominicana. Junto al eminente doctor Heriberto Pieter, quien era su profesor de medicina, fueron apresados, por ambos haberse burlado en un desfile de la guardia estudiantil universitaria, en la Universidad Santo Tomás de Aquino, cuando dijeron en alta voz, que parecían muñecos ridículos de Hollywood en su marcha, los que fueron escuchados por el servicio de inteligencia de Trujillo allí presente.
En calidad de Doctor en Medicina inicia su ejercicio profesional en su ciudad natal, La Vega, en una antigua casa de madera la cual estuvo ubicada en la calle Duarte No. 26, solar donde hoy funciona la Clínica Odontológica Doctor Holguín. Sus primeras consultas a domicilio las hacía trasladándose en un coche tirado por caballo, luego adquiere una motocicleta de fabricación alemana de marca Hércules y, finalmente compra su primer carro marca Dodge. Realizaba partos a domicilio, tanto en la zona rural, como en la zona urbana en sus primeros años de ejercicio profesional, con un gran sentido humanitario. Fruto de su gran deseo de crecimiento científico, en dos ocasiones sale a realizar rotaciones a modo de entrenamientos médicos, en el área clínica donde llegó a destacarse, en los Hospitales Mount Sinaí y, American Center de la ciudad de New York, en los Estados Unidos.
Se desempeñó por largos años como médico de la entonces Policlínica del Seguro Social y, del Reformatorio Preparatorio de Menores de esta ciudad de La Vega, en este último trabajo laboró por espacio de doce años. En sus primeros años de ejercicio profesional no pasaban de siete los galenos que laboraban en ésta comunidad, logrando obtener un gran prestigio como eminente clínico, por sus grandes aciertos diagnósticos, siendo sus terapéuticas de gran avance farmacológico para la época, las que magistralmente combinaba los patentizados de las tradicionales boticas, modernos medicamentos de fabricación norteamericanos y, europeos, con la medicina botánica, mejor conocida como "medicina alternativa", de la cual tenía un gran dominio, siendo de los pioneros en la República Dominicana.
Fue reconocido por la Facultad de Medicina de la Universidad Autónoma de Santo Domingo, al cumplir su boda de oro en el ejercicio inmaculado hipocrático, así como por la Asociación Médica Dominicana, hoy Colegio Médico Dominicano, dedicándole múltiples congresos y, jornadas médicas en su honor. Fueron compañeros de su promoción médica, los galenos, Dr. Abel González, Dr. Eduardo Álvarez Perelló, Dr. Amín Khoury, Dr. Rodríguez Cabral, Dr. Chalas y, el Dr. Manuel Batlle entre otros. El Ayuntamiento y, la Sala Capitular de La Vega le declaró como "Hijo Meritísimo", gracias a sus grandes aportes en esta provincia, en calidad de médico, como mecenas cultural y, por su lucha tenaz antitrujillista, a favor del pueblo dominicano. Ejerció la medicina por espacio de 67 años de forma ininterrumpida, desarrollando una extensa y, fructífera labor hipocrática y, humanística hasta pocos días antes de su fallecimiento, el día 22 de agosto del año 2005 en la ciudad de La Vega, donde se le dio cristiana sepultura. La causa de muerte fue una sepsis provocada por una infección respiratoria crónica, agudizada por padecer bronquiéctasia con resistencia polimicrobiana a la antibioterapia. Ejerció la profesión médica hasta dos meses antes de su muerte, acontecida a sus 94 años.
Estos dos escritos son de la autoría del hijo del doctor Perez, el colega Reynolds Perez Stefan en ocasión de ser exaltado en agosto de 2024 como “Médico de la Patria” por sus acciones y coraje frente a la dictadura trujillista. Loor al doctor Archibaldo Perez.