La ciudad de Santo Domingo, primada de América tiene entre sus edificaciones las ruinas del primer hospital edificado en estas tierras. En 1502 desembarcaron en la Española el Físico Doctor Diego Ponce. Cirujano su hermano Alfonso Ponce. Boticario Ordoño Ordóñez, con sendos mozos cada uno su mozo y esos sanitarios seguirían el trabajo de Álvarez Chanca y serían los primeros en trabajar en el Hospital.

Unas instrucciones reales, dadas para Ovando el 20 y 29 de marzo de 1503, mandan que el gobernador Fray Nicolás de Ovando: “Faga fazer en las poblaciones onde él viere que fuera más necesario casa para hospitales en que se acoxen y curen los pobres ansi de los cristianos como de los yndios”. Según parece durante la época del gobernador Ovando, este hospital era un pequeño edificio de madera y paja que albergaba 6 enfermos, según relatos de Erwin Walter Palm. Esa edificación pronto resultó insuficiente por lo que en 1519 se construyó el segundo edificio.

Como es fácil entender el Hospital fue un centro importante en la vida de la ciudad, así vemos que en 1565 se llevaba en el hospital un recuento de difuntos para garantizar a los herederos el cuidado de los bienes que poseían, y así vemos un detalle de los nombres y profesiones de los difuntos. En 1586 el mayordomo del Hospital manifiesta que tras el saqueo de los ingleses necesitan varias casas para alojar a los sanitarios y pacientes. Sin embargo la situación del hospital no era boyante y así en 1587 se expide una Real Cédula a la Audiencia de Santo Domingo para que remita explicaciones sobre el funcionamiento y situación del Hospital y les pedía observaciones para su mejoría. Y en 1588 tenemos una Real Cedula de la Casa de la Contratación que establecía que de los bienes de los difuntos se paguen al Hospital de San Nicolás de Santo Domingo de la isla Española 1,000 ducados para reparaciones de los daños causados por Francis Drake.

Más noticias del Hospital nos dicen que Manuel González de Melo fue nombrado racionero de la Catedral y Capellán del Hospital en 1617 y en 1619 fue nombrado García Fernández de Torquemada como capellán. En 1729 ejercía como médico y cirujano Rodrigo Gálvez, natural de Santo Domingo y que según los sacerdotes de la orden de Predicadores contaba con 22 años de experiencia y de sus méritos daban fe todos los miembros de la comunidad religiosa.

La situación era siempre precaria y no contaba el hospital con muchos médicos y asi vemos como en 1783 se pide al cabildo que nombre un médico en el Hospital, ya que no había los recursos para pagar uno. En 1784 el señor José Cabero con titulo de la Universidad de Montpellier y residente en Santiago de los Caballeros pedía que a través del hospital se le otorgara el titulo de médico de los Reales Ejércitos. Como vemos el hospital cumplía diversas funciones como ser la sede del protomedicato. En un documento en los archivos de Indias de 1788 se resalta que existen 22 cuadernos con toda la información de la medicina, la cirugía y la farmacia en la ciudad de Santo Domingo y se pedía al Hospital los detalles.

La trayectoria del hospital se transforma luego de 1795 con la firma del tratado de Basilea que motiva la salida de muchos médicos de la parte este de la isla Española y dejan al Hospital con un importante déficit de personal. Durante la ocupación haitiana, el hospital se mantuvo laborando con precariedades, pero ofreciendo servicios gracias al doctor Juan Bernal, de quien abundaremos en otros escritos.