El 16 de enero de 1962 mientras una multitud frente al Parque Independencia reclamaba de manera pacífica la expulsión de Balaguer del recién formado Consejo de Estado, la respuesta fue enviar los tanques de guerra estacionados en la Base militar de San Isidro, para silenciar con balas a los manifestantes. Tras la salida de los remanentes de la familia Trujillo en el mes anterior, se había iniciado un proceso de negociación y lucha para formar un nuevo Gobierno, pero la oferta que se quería imponer era la continuidad del trujillismo sin Trujillo.
El Gobierno del presidente Kennedy con su temor de que no se instalara otra Cuba en Dominicana, decidió intervenir directamente en la conformación de un nuevo régimen tras la salida de los Trujillo en noviembre de 1961. Con tales fines fue enviado un funcionario de alto nivel, Arturo Morales Carrión, subsecretario de Estado adjunto para asuntos latinoamericanos. Balaguer pretendía heredar de inmediato a Trujillo.
Ante la terquedad de Balaguer fue convocada una huelga general a finales de noviembre reclamando su salida de la presidencia, bajo las consignas de: «Balaguer muñequito de papel» y «Navidad con libertad». Piero Gleijeses en su obra La esperanza desgarrada, nos dice sobre esta jornada de lucha:
“La huelga general continuaba; las clases populares se sumaban y los estudiantes, en su mayoría catorcistas, proporcionaban las tropas de choque que batallaban en las calles. El New York Times se refería a ella como “una de las manifestaciones populares más impresionantes en la historia reciente de América Latina”.
La huelga se extendió por nueve días hasta los principios del mes de diciembre, la Unión Cívica Nacional (UCN), claudicó y aceptó negociar. Se anunciaba una rápida solución a la crisis de Estado, que sirvió como balde agua para silenciar la lucha. Ni el 14 de junio, ni el PRD aceptaron integrarse a las negociaciones que de antemano se sabía serían viciadas. La Unión Cívica Nacional aceptó un Gobierno de coalición, con Balaguer a la cabeza hasta finales de año. Tras el retorno de la calma, Balaguer rechazaba renunciar a finales del mes de diciembre como estaba pautado, señalando en principio que lo haría al final oficial de su seudomandato en el mes de agosto de 1962, luego lo supeditó a cuando fueran levantadas las sanciones impuestas por los países de América a la tiranía de Trujillo. Pensando que este proceso de levantar la sanciones se prolongaría por un buen tiempo.
John Bartlow Martin, futuro embajador de los Estados Unidos en el país, fue enviado entre los negociadores del Departamento de Estado en Santo Domingo a finales de 1961. En su libro El destino dominicano, comentaba:
“De todas las personas con quienes me entrevisté durante este viaje, Balaguer me pareció el más enigmático. No podía entender por qué hacia este papel, bajo la presión de los militares y de la oposición, abucheado en las calles por sus conciudadanos, presidente de un gobierno en bancarrota al cual esperaba el caos. ¿Por amor al país?, ¿por dinero?, ¿por el oropel del mando?, ¿por miedo? Nunca lo supe”.
El 1 de diciembre de 1961 se instaló el nuevo Gobierno, un Consejo de Estado con la mayoría de sus miembros de la UCN, pero presidido transitoriamente por Balaguer. El 4 de enero fueron levantadas las sanciones económicas impuestas al Estado dominicano. Se entendía que Balaguer debía renunciar porque esta era la última excusa que alegaba, entonces empezó a señalar que lo haría el 27 de febrero. Las protestas de todos los sectores populares no se hicieron esperar, incluyendo a los grupos más radicales de la UCN que eran coordinados por su Comité del Distrito Nacional. Las sospechas eran evidentes, Balaguer pretendía mantenerse en el poder, en alianza con el secretario de las Fuerzas Armadas Pedro Rafael Rodríguez Echavarría.
La UCN tenía su local principal en la calle Del Conde esquina Espaillat, mientras la sede de su Comité del Distrito estaba en la avenida Independencia, frente al parque del mismo nombre, en la segunda planta de una edificación próxima a la calle Pina. En el balcón de este local se instalaron altoparlantes que reclamaban la expulsión de Balaguer del Consejo de Estado, una multitud de ciudadanos se aglomeró frente a dicho local en apoyo a esas demandas. Ese 16 de enero, según la información oficiosa puesta a circular por personeros de Balaguer, a este le molestaba el ruido de los altoparlantes que supuestamente se escuchaban en el Palacio Nacional, y ordenó a Pedro Rafael Rodríguez Echavarría, secretario de las Fuerzas Armadas enviar a silenciar esos aparatos.
Lo que molestaba no era el sonido de los altoparlantes, sino el contenido de los mensajes y la solidaridad de la población con las proclamas difundidas. El doctor José Aníbal Sánchez Fernández (luego profesor de historia de la UASD), encabezaba el proceso de denuncias. Alrededor de las cuatro de la tarde se presentaron al lugar cuatro carros de asalto y cuatro tanques de guerra con tropas, al mando del coronel Manuel Cuervo Gómez. Ordenaron desmontar los aparatos de transmisión, con la obvia negativa de los manifestantes que alegaron ya existía libertad de expresión. Entonces, buscaron escaleras en el Cuartel de Bomberos próximo al parque e intentaron subir al balcón a quitar los altoparlantes, ante la protesta de la multitud decidieron disparar a mansalva, asesinando a cinco ciudadanos.
El señor Pio Varona, fue el más conocido de las víctimas, era un comerciante de la Avenida Mella propietario de la Mueblería Varona, que con todo su derecho se había integrado a la protesta. La matanza no fue mayor porque el Parque Independencia en esa época no tenía verjas, y esto facilitó una mejor retirada de los indefensos manifestantes. En un texto que no llegó a difundirse, pero que rescató el ilustre historiador Emilio Rodríguez Demorizi, Balaguer calificó los acontecimientos del Parque Independencia de este modo:
“La tramoya empezó en Santiago con una serie de radiodifusiones de tono subversivos y en donde se ofendió soezmente la dignidad del poder público y culminó con la comedia del Parque Independencia, la tarde del 16 de enero”
Claro una “comedia” ensangrentada! En respuesta a la masacre de inmediato se inició un movimiento nacional de protesta, entre las primeras medidas fue incendiar la casa de los padres del coronel Cuervo Gómez (que cumplía órdenes, pero hay mandatos que el honor exige no acatar) en la calle 19 de marzo casi esquina Juan Isidro Pérez.
Balaguer y Rodríguez Echavarría realizaron un autogolpe de Estado, formando una supuesta Junta Cívico-Militar, presidida por una personalidad pública, para tratar de contener la movilización popular. Luego, el 18 de enero los coroneles Rafael Tomás Fernández Domínguez y Elías Wessin y Wessin encabezaron un movimiento que apresó en el cine de la Base Aérea de San Isidro al general Rodríguez Echavarría, se liberó a los miembros del Consejo de Estado presos en ese lugar y fueron reinstalados en el Gobierno, ahora bajo la dirección de Rafael F. Bonnelly. Balaguer busco refugió al lado de su casa en la Nunciatura Apostólica. La población se lanzó a las calles a celebrar el nuevo orden. En Barahona militares dirigidos por un generalote de la base área dispararon contra la población que también festejaba en las calles el anunció de la llegada de la tan anhelada libertad y asesinaron al fiscal de esa ciudad.
El Consejo de Estado jugó un papel muy cuestionable, pero fue la transición impuesta por las circunstancias para salir en esos momentos del trujillismo sin Trujillo.