Buenaventura Báez asumió la presidencia de la República en octubre de 1856. A pesar de que se presentó como partidario de la reconciliación nacional, sólo aceptó legisladores de su confianza, retomó la Constitución autocrática de 1854 y persiguió a Pedro Santana hasta enviarlo al exilio en enero de 1857. Sus colaboradores también fueron atacados. En su plan de gobierno contempló la canalización del río Yuna, la construcción de un ferrocarril en La Vega, la explotación de las minas de carbón de Samaná, el desarrollo de las actividades agrícolas, entre otras. Durante la primera mitad de 1857, Báez ordenó la emisión de más de 60 millones de pesos, lo que significó una devaluación de la moneda nacional en beneficio de él y sus acólitos de la Capital, y en perjuicio de los comerciantes y productores de tabaco del Cibao. Esto así, porque estos quedarían arruinados al recibir dinero devaluado, mientras que los intermediarios capitaleños cobrarían en monedas fuertes del mercado exterior.
Contra esta medida, en julio de 1857, los liberales dieron a conocer su Manifiesto a los Pueblos del Cibao, en el que anunciaban el desconocimiento del presidente Báez, por desordenado y corrupto. Los rebeldes instalaron un Gobierno provisional en Santiago, presidido por José Desiderio Valverde; su vicepresidente fue el trinitario Benigno Filomeno Rojas. En febrero de 1858, estos aprobaron una nueva Constitución en Moca, que establecía el sufragio universal, el Congreso bicameral, la prohibición de la reelección sucesiva, la sumisión de los militares al poder civil… En términos militares, los sediciosos fueron comandados por el general Luis Franco Bidó. En mayo de 1858, Matías Ramón Mella, luchando por los liberales, y asistido por el general Eusebio Puello, tomó el control de Samaná. Mientras que, en junio de 1858, Pedro Santana puso fin al sitio de la Capital, cuyo gobernador era Francisco del Rosario Sánchez. La capitulación de Báez puso fin a la primera guerra civil dominicana, y al periodo de los dos gobiernos, pero Santana, al ascender a la Presidencia, desconoció a los liberales, anuló la Constitución de Moca y renovó su estilo despótico. Todo esto, contra el país y por el retorno del dominio de España.