La sociedad dominicana padeció un estado de postración y miseria durante la Primera República. Entre 1844 y 1861, la agricultura estaba abandonada, el comercio limitado, la hacienda arruinada y la comunicación interior, a decir de Harry Hoetink: solo conocía el uso de veredas, carriles o paisajes innominados, como en los tiempos de la colonia. Encarar esa crisis dependía de caudillos providenciales que buscaban la anexión de la república, como Buenaventura Báez y Pedro Santana. En marzo de 1861, este logró la anexión a España liderando una alianza entre los hateros y representantes de la pequeña burguesía. Entendía que la anexión sería provechosa, pues evitaría el retorno del control de los dominicanos por Haití. En: Anexión y guerra de Santo Domingo, La Gándara sostiene que, de unos 30 mil habitantes que tenía la Capital, apenas 636 firmaron el acta de anexión y, de los 25 mil de Santiago, sólo 140 lo hicieron. Estos datos reflejan que se trató de una decisión carente de legitimidad, que solo era beneficiosa para sus impulsores.
España aceptó la anexión de Santo Domingo por temor a ser desplazada del Caribe por Estados Unidos, que hablaba de comprar las islas de Cuba y Puerto Rico. No obstante, los españoles, comandados por el general Antonio Peláez de Campomanes, fueron rechazados sin reservas en nuestro país. En marzo de 1861, al ser izada la bandera española en San Francisco de Macorís, el comandante Juan Esteban Ariza tuvo que dispersar a tiros a los munícipes amotinados; mientras que, semanas después, en Moca, José Contreras, José María Rodríguez, José Inocencio Reyes y Cayetano Germosén, se levantaron en defensa de la soberanía, siendo apresados en pocas horas por el general Juan Suero, y ejecutados poco después por orden del general Pedro Santana. En junio de ese año, Francisco del Rosario Sánchez fracasó con su movimiento por la regeneración dominicana, padeciendo la misma suerte y el mismo verdugo. Se afirma que, previo a ser fusilado en el cementerio de San Juan de la Maguana, expresó: Decid, a los dominicanos que muero con la patria y por la patria, y a mis familiares, que no recuerden mi muerte para vengarla.
Casi dos años después de estos primeros mártires de la Restauración, el descontento por la pérdida de la independencia creció con las medidas del Gobierno de la anexión contra los productores de tabaco en el norte, y de madera en el sur. En el aspecto administrativo, el desplazamiento de los cargos civiles y militares, y la discriminación por su desempeño o por ser negros, también fueron motivo de agitación. Por todo esto, en enero y febrero de 1863, la lucha contra los españoles fue retomaba con varios movimientos fallidos por su precipitación. La suerte fue diferente con las acciones desencadenadas a partir del 16 de agosto de 1863 por el grito de Capotillo, conocido para entonces como el Cerro de las Patillas. En su gestación actuaron, entre otros, los generales José Cabrera y Santiago Rodríguez, al mando de 80 hombres; y Benito Monción, acompañado de 36. Inspirados en el ideal trinitario y en el lema: independencia, igualdad y libertad, invitaron a luchar contra las tropas del gobierno español y por la restauración de la independencia perdida. Así, quedada encendida la llama de la Restauración de la República.
Al levantar el campamento de Capotillo, los restauradores tuvieron como meta la toma de Santiago. Para lograr ese objetivo, ganaron el paso por Sabaneta, Dajabón, Partido, Montecrisiti, Loma de Chacuey, Guayacanes y La Culata. Ya en Santiago, las acciones iniciaron el 31 de agosto de 1863 hasta la capitulación de las tropas españolas el 12 de septiembre. Los dominicanos, comandados por Gaspar Polanco, Gregorio Luperón, Benito Monción, Gregorio Lora y otros, combatieron con arrojo y vencieron al brigadier Buceta y a sus refuerzos de Cuba y Puerto Rico, también a sus colaboradores dominicanos, como el general Juan Suero. A la toma de Santiago siguió el predominio de los restauradores en el control de las zonas de mayor valor estratégico militar, uno de los últimos combates fue el ganado en La Canela por José María Cabral, en diciembre de 1864.
Tras lograr el control de Santiago, el 14 septiembre de 1863, el general José Antonio Salcedo juró como presidente del Primer Gobierno de la República en Armas; el segundo fue presidido por el general Gaspar Polanco, desde octubre de 1864 hasta enero de 1865; y el tercero tocó al general Pedro Antonio Pimentel, en marzo-agosto de 1865. Entre las figuras civiles participantes en estos gobiernos destacan Ulises Francisco Espaillat, Federico de Jesús García, Benigno Filomeno Rojas, José Gabriel García, Pablo Pujol, Pedro Francisco Bonó…
Gracias al uso del método de guerrillas propuesto por Matías Ramón Mella, al arrojo del combatiente dominicano y a la conducción efectiva del liderazgo local y nacional, el éxito en los campos de batalla garantizó la permanencia de estos gobiernos provisionales, y la salida de las tropas españolas en julio de 1865. Como balance parcial, la guerra nos dejó un aparato productivo destruido, unas seis mil bajas humanas y un país políticamente dividido. Pero, bajo la conducción de los liberales más decididos, nos dejó restaurada la República.
Se trató de una guerra de carácter esencialmente popular, y de orientación internacional, gracias al apoyo del liderazgo político haitiano, y a la defensa de la confederación por la independencia antillana hecha por Luperón, Mella, De Rojas y demás restauradores. Los españoles González y Fontecha, sostienen que la Guerra de la Restauración provocó la crisis del sistema político isabelino, serias dificultades económicas para España y unas 16 mil bajas para Cuba y Puerto Rico; afirma Emilio Cordero Michel, que más de trece mil peninsulares, perdieron la vida, la mayoría por enfermedades y dificultades de la naturaleza. Para los dominicanos, establece el acta de la restauración de la independencia redactada por el venezolano Manuel Ponce de León, la Guerra significó el restablecimiento de su derecho a vivir en libertad y el fin del escarnio impuesto por los que defendieron el gobierno de la anexión.