Un hecho totalmente imprevisto e impredecible colocó a Joaquín Balaguer en una posición oficial clave en el gobierno dominicano cuando ocurrió la matanza de entre cuatro mil y seis mil haitianos en octubre de 1937.
Al canciller Ernesto Bonetti Burgos le fue diagnosticado un cáncer y salió del país buscando salud en agosto de ese año, es decir dos meses antes de la matanza. No sobreviviría esa enfermedad. En agosto fue sustituido por un Joaquín Balaguer de 31 años de edad y quien había sido nombrado vicecanciller apenas cuatro meses antes. Por primera vez era miembro del gabinete. Las relaciones de Trujillo con Haití habían sido excelentes hasta el momento de la matanza, tanto así que en marzo de 1937 Trujillo auspició un congreso “de cooperación intelectual dominico-haitiano” llegando desde Puerto Príncipe una delegación de intelectuales para reunirse con Manuel A. Amiama, Emilio Morel, Arturo Logroño, Juan Tomás Mejía, Emilio Rodríguez Demorizi, Víctor Garrido Puello y Joaquín Balaguer. El 27 de agosto, semanas antes del inicio de la matanza, Trujillo recibió a Balaguer en su residencia temporal en San José de las Matas.
El 9 de octubre, día después del cese de la matanza, Evremont Carrié, el ministro haitiano en Ciudad Trujillo, entregó a Balaguer una nota diplomática donde solicitaba una investigación para fijar las responsabilidades; castigar a los culpables; una indemnización a las víctimas o sus parientes y una reprobación de parte del gobierno dominicano. Balaguer le contestó diciendo que Trujillo había recibido “con la más viva sorpresa” esa denuncia ya que se trataba de “pequeños incidentes” y que se harían investigaciones y se aplicarían, si hubiese lugar sanciones. El 20 de octubre Balaguer recibió al Encargado de Negocios norteamericano pues por instrucciones de Trujillo debía dar al cuerpo diplomático la versión oficial sobre el “incidente fronterizo”. Balaguer le explicó que un gran numero de haitianos, deportados desde Cuba no habían encontrado trabajo en Haití y habían cruzado ilegalmente la frontera. Su presencia había creado un serio problema “ya que estos visitantes indeseables eran de la clase más baja de humanidad y vivían del robo y también habían atacado a mujeres dominicanas”. Balaguer fue sustituido por Julio Ortega Frier en noviembre durando apenas cuatro meses. El gobierno haitiano tuvo que acudir al Tratado Gondra, un mecanismo de arbitraje con varios gobiernos latinoamericanos, pero este devino inconcluso debido a una solución bilateral iniciada por el presidente Vincent actuando el Nuncio Apostólico como intermediario.
En 1987, al cumplirse cincuenta años de la matanza, Balaguer con quince años acumulados como presidente, declaró que su gobierno estaba tratando de que los haitianos “salgan de las zonas donde causan daños, donde devastan el bosque dominicano, donde están haciendo con nuestro país lo mismo que hicieron con el suyo, convirtiéndolo en una roca, en un desierto(…) el país se está haitianizando, los dominicanos están dejando de trabajar para que los sustituyan en las obras duras, que requieren mucho esfuerzo, los haitianos. Esta es una forma de disolver el país espiritualmente, todos los resortes morales de los ciudadanos dominicanos se están relajando, se están perdiendo porque estamos dejando a los haitianos adueñarse del país”. Pero a pesar de ser presidente. Balaguer no hizo nada al respecto.