La anexión del país a España se llevó a cabo en un entorno económico desfavorable, tanto en el plano interno como en el internacional, que marcó el fracaso de esta. Durante la Primera República (1844-1861) la economía dominicana era principalmente agraria y ganadera, caracterizada por una demanda interna deficiente, fuerza de trabajo inestable y una producción limitada que dificultaban el desarrollo de una agricultura comercial, con la excepción de algunos productos como el tabaco, y con una alta concentración de riqueza entre los hateros.
La actividad económica estaba limitada, además, por el uso de instrumentos primitivos de producción, la no existencia de industrias (excepto los trapiches para fabricar azúcar) y la ausencia de un sistema bancario que pudiera canalizar recursos hacia la producción y el comercio. La administración de la Hacienda Pública era sumamente deficiente, con continuos déficits fiscales, acumulación de deuda y emisiones monetarias sin respaldo (usualmente para financiar las guerras contra Haití) que derivaron en importantes devaluaciones de la moneda e incrementos de precios. La presión tributaria estimada era de 0.18 % del PIB en 1861 y la cotización de la moneda nacional fue de $ 500 pesos por cada peso fuerte al inicio de ese año (fijado por decreto). Se estima que durante los 17 años que duró la Primera República la economía mostró un crecimiento promedio de 1 % y una caída promedio anual del ingreso per cápita de -2 %. En ese contexto, la élite dominante veía la anexión a una potencia extranjera como la oportunidad de entrada de capitales que reanimarían la delicada economía dominicana, pero no se hicieron análisis sobre la situación económica de las posibles potencias. Fueron los factores geopolíticos y culturales los que determinaron que la potencia para anexarse fuera España.
La anexión fue proclamada por Pedro Santana el 18 de marzo de 1861 y se llevó a cabo sobre unas bases muy específicas, destacándose el no restablecimiento de la esclavitud y la amortización de la moneda dominicana. Dos condiciones que no fueron del agrado del régimen monárquico, primero, porque estaba acostumbrado a que la producción agrícola de sus colonias fuera en base al trabajo esclavo y no a mano de obra remunerada. Segundo, porque realizar el canje de la moneda nacional sin respaldo por moneda fuerte suponía hacer un gasto extraordinario y el Estado Español no estaba dispuesto a erogar fondos propios. No obstante, España asumió la administración del territorio dominicano, incluyendo en su presupuesto los gastos asociados para garantizar la defensa del nuevo territorio (amenazado por continuas invasiones) lo que significó una carga fiscal adicional. En cuanto al canje de la moneda nacional, realizaron cambios de papeletas por monedas de cobre a una tasa mucho más baja que la establecida en el decreto de Pedro Santana ($ 500 pesos por cada peso fuerte) y a un ritmo muy lento, quitándole la esperanza a comerciantes y campesinos de que sus ingresos mejorasen rápidamente con una moneda estable que facilitaría la dinamización de las relaciones de mercado y fomentaría la producción agrícola.
En la medida en que los españoles se fueron instalando en el país se formaron varias comisiones para conocer el estado de la economía, pero todas alegaron que no encontraron estadísticas confiables para conocer el verdadero estado de la Hacienda Pública y los niveles de deuda. Bajo el alegato de no contar con funcionarios con los niveles de conocimientos necesarios para el manejo de la economía y la administración colonial, a Santo Domingo llegaron centenares de nuevos funcionarios civiles y militares, con altos salarios, que desplazaron a los nativos de la administración y el mando del Gobierno, produciéndose un incremento del desempleo entre los nacionales.
El aumento de los gastos administrativos generó un déficit en la finanza colonial (los ingresos alcanzaban al medio millón de pesos fuertes mientras los egresos superaron los tres millones) hecho que obligó a la creación de nuevos impuestos y al incremento de los ya existentes. Los comerciantes empezaron a sufrir alzas tributarias y se creó un impuesto del 4 % sobre el valor de las viviendas a los habitantes de la ciudad capital, lo que provocó un rechazo violento a un sistema fiscal extraño a las costumbres dominicanas, dando paso a la guerra restauradora que terminó extrayéndole mano de obra a la agricultura con su respectivo impacto en la producción.
A partir de 1863 la carga presupuestaria para la corona se intensificó debido al gasto extraordinario para sostener el ejército, constantemente amenazado por las tropas de la restauración, y la permanencia de la marina de guerra en las costas dominicanas por posibles invasiones extranjeras. A pesar de eso, la administración española incrementó la inversión en la explotación de las minas y la producción de tabaco y algodón, pero dichas inversiones no respondieron a las necesidades de la colonia, sino a la situación internacional derivada, entre otros factores, de la escasez de oro en España y la guerra de secesión en los Estados Unidos que produjo una escasez de algodón. Asimismo, la metrópolis estableció un control a la producción y exportación del tabaco y una política arancelaria discriminatoria, al establecer un impuesto aduanal de 9 % a las importaciones procedentes de ese país, mientras que las que provenían de otros países fueron obligadas a pagar un arancel de un 30 %. La recaudación fiscal se duplicó y la presión tributaria promedio anual estimada fue 0.38 % del PIB entre 1861 y 1865.
Pero las alzas impositivas se reflejaron en los precios de los bienes que, junto al desabastecimiento generado por la guerra civil norteamericana (1861-1865), desataron un proceso inflacionario que provocó una reducción del consumo y una recesión económica en la colonia. Se estima que, entre 1861 y 1865, la actividad económica mostró una contracción promedio anual de -0.5 % y el ingreso per cápita registró una caída promedio anual de -3.7 %. La esperanza de que la anexión mejoraría la situación de la economía dominicana se desvaneció muy pronto.
La mala administración de la colonia de Santo Domingo no se debió al desdén de los españoles, sino que respondió a la situación económica que se vivía en la metrópolis. En las décadas centrales del siglo XIX se produjo una reforma en la economía española que conllevó a la aprobación de una serie de leyes como la ley general de ferrocarriles (1855), la ley de bancos de emisión (1856) y la ley de compañías de crédito (1856), que abrieron las puertas a las concesiones ferroviarias, fundación de nuevos bancos, excesiva creación de dinero, entradas de capitales extranjeros e incremento de la deuda pública. Entre 1854 y 1864 cerca del 90 % de toda la inversión pública se hizo en ferrocarriles, pero los ferrocarriles tenían escaso tráfico de pasajeros y/o mercancías que transportar por lo que el gobierno debió incurrir en importantes subsidios. Además, en esos años se produjo en toda Europa una tendencia a la apreciación de la plata en relación con el oro, debido a los movimientos desfavorables en la balanza comercial con los países asiáticos, tanto por el consumo que se hacía en dicho continente de productos como el té, la seda o las especias provenientes de naciones asiáticas, como por la inversión británica en infraestructuras en la India. La escasez de plata se agudizó en 1859 afectando particularmente a España, donde varios bancos (de Bilbao, Valladolid, Zaragoza, Santander, Málaga y La Coruña) le solicitaron al Gobierno, en agosto de 1859, poner los medios necesarios para evitar que la moneda gruesa de plata desapareciera por completo de la circulación y llegara a resentirse la actividad mercantil. Adicionalmente, España sufría una escasez de oro que llevó al Banco de España (Banco Central español) a comprar ambos metales en el extranjero. Entre 1859 y 1863 el Banco de España compró casi el 50 % del oro acuñado por las Casas de Monedas y realizó una importante operación de crédito con bancos ingleses y franceses para comprar los metales. Esas operaciones se realizaron en un momento en el cual se registraba un encarecimiento del crédito internacional debido al alza de los costes del algodón que obligó a los países productores de tejidos a proveerse de materia prima en India y otros países.
En 1864 el Banco de España vivió una de sus experiencias más dramáticas al intentar conseguir en distintas plazas europeas los medios necesarios para pagar el oro que necesitaba. En ese mismo año, la situación de las finanzas pública obligó al gobierno español a dejar de pagar los subsidios a los ferrocarriles y se inició el colapso del sistema de trenes que llevó a importantes salidas de capitales, lo que perjudicó la disponibilidad de metálico por parte de los intermediarios financieros españoles. Los bancos españoles comenzaron a presentar problemas de liquidez y los dos bancos extranjeros que estaban detrás del auge de los créditos ferroviarios (ambos franceses) se retiraron del país. El Banco de España no pudo actuar como prestamista de última instancia en la crisis desencadenada por esta reversión del flujo de capitales y se vio en la necesidad de retirar liquidez del mercado. La circulación monetaria que había alcanzado un máximo en 1864 comenzó a caer bruscamente a partir de entonces. El número de bancos descendió de 57 en 1864 a 35 en 1865. Se produjo una deflación en la economía y la balanza de pagos se volvió deficitaria. Entre retiradas de capital y la deflación interna, la tasa de interés se elevó de 6 % en 1863 al 9 % en 1865. La crisis financiera causó daños irreversibles a gran parte del sistema bancario español.
Por otro lado, el sistema fiscal español era regresivo e insuficiente, había un alto endeudamiento del Estado debido a la estrecha vinculación del Banco de España con el financiamiento del gobierno, circunstancia que contribuyó a agravar más la situación económica y monetaria de dicho país. Bajo ese contexto, España tuvo que destinar mayores partidas presupuestales a favor de Santo Domingo para enfrentar militarmente la guerra de la restauración. En ese momento las autoridades españolas comenzaron a darse cuenta de que la anexión de Santo Domingo no fue beneficiosa económicamente para España y abandonarla le permitiría volver a concentrar sus fuerzas en Cuba y Puerto Rico, donde sí eran capaces de mantener el orden y la economía, además de no estar prohibida la esclavitud.
En resumen, la anexión se produjo en el contexto de una situación económica y financiera debilitada en ambos países y un gobierno dominicano que no podía o no le interesaba revertir la situación porque representa a una clase social anexionista que priorizaba la apertura al comercio internacional antes que la pertenencia a un Estado nacional independiente. Los dominicanos desconocían la situación de la economía española, pero en España se sabía poco de la situación en la isla, apenas hubo iniciativas para recabar información y se confió en el comunicado que Santana había enviado al gobernador de Cuba, que demostró ser inexacto. Fueron los factores económicos de la República Dominicana y de España, unidos a la coyuntura económica internacional, los que determinaron el fracaso de la anexión.