En el Cronológico conocido como Correspondencias Despachadas de la Universidad de Santo Domingo (USD) se establece que, entre 1939 y 1942, esta era arrendataria de cuatro locales ubicados en las calles Arzobispo Nouel, para aulas; en la Arturo Pellerano Castro, albergue de la Facultad de Ciencias Exactas y de la Biblioteca; en la Padre Billini, donde funcionaban varias facultades; e Isabel La Católica, sede de la Facultad de Farmacia y Ciencias Químicas. Los dos primeros pertenecían a Manuel de Js. Tejera Peignad, el tercero a Ramón Saviñón Lluberes y el cuarto, nada de asombro, al generalísimo Trujillo. El pago por esos locales ascendía a 335 pesos al mes, mucho dinero para época si se toma en cuenta que no cumplían con los requisitos de un centro de estudios universitarios. Por esa situación, en 1938, animado quizá por intelectuales de su entorno, Trujillo prometió la construcción de una planta física “que correspondiera cabalmente a la dignidad histórica” de la Primada de América.
La idea de dotar a la USD de edificaciones propias de una Ciudad Universitaria avanzó durante la rectoría de Julio Ortega Frier, reconocido bibliófilo. Como primer paso, en enero de 1939, Guido D´Alessandro recibió un adelanto de 15 mil pesos para la elaboración de los planos. A este se debe la selección del lugar en que se ejecutaría el proyecto, pero, según afirmara diez años después el rector Julio Vega Batlle, el plan original de la Ciudad Universitaria fue concebido por el ingeniero José Antonio Caro Álvarez y ejecutado por el Departamento de obras públicas. La construcción comenzó en enero de 1944, en terrenos logrados por compra ´amistosa´, en muchos casos el precio era 20 centavos el metro; y por donación o expropiación.
Por instrucciones del rector Ortega Frier, la gestión administrativa fue coordinada por J. A. Bonilla Atiles, primer vicerrector de la USD. Este contactó al Conservador de Hipotecas, al presidente del Tribunal de Tierras, a las oficinas del Impuesto Sucesoral y del Impuesto sobre la Propiedad Urbana, con la solicitud de que debían garantizar todas las facilidades con respecto a la construcción de la Ciudad Universitaria. La obra estuvo a cargo de los ingenieros Bienvenido Martínez Brea y José Ramón Lopez Penha, Caro Álvarez, Rafael E. Valdez, Rafael Nemecio Bass y Juan Ml. Pellerano; supervisados por los ingenieros M. S. Gautier y A. W. Rogers. Por la Universidad participaron los ingenieros Guillermo González, Leo Pou Ricart y Humberto Ruiz Castillo, decano de la Facultad de Ciencias Exactas, hoy de Ingeniería y Arquitectura.
Hasta 1946, a un costo de casi millón y medio de pesos, se habían construido los edificios de las facultades de Medicina, que albergaba a la Facultad de Derecho en la segunda planta; de Odontología, donde también funcionaba la Facultad de Ciencias Exactas; de Farmacia y Ciencias Químicas, que incluía laboratorios y a la Facultad de Filosofía; además, se habían construido locales para el Instituto Botánico y para laboratorios. A pesar de que varias de estas obras habían sido inauguradas antes, el conjunto que formaban fue inaugurado en agosto de 1947.
Las edificaciones de la Ciudad Universitaria construida por orden de Trujillo fueron completadas de manera gradual durante los años siguientes. A mediados de 1950, por ejemplo, las autoridades universitarias destacaban como metas inmediatas la construcción del edificio de la Facultad de Ciencias Exactas y sus laboratorios, de la Rectoría, del Aula Magna y del Instituto de Idiomas. Mientras que, para 1958, se elaboró un presupuesto ascendente a casi dos millones de pesos que, entre otras, incluía la construcción de los edificios para las facultades de Ciencias Exactas, de Derecho, de Agronomía y Veterinaria, y de Filosofía, Ciencias y Educación; así como los correspondientes a los servicios bibliográficos, al Instituto de Química y a la Residencia de Señoritas Nuestra Señora del Carmen.
Los nombres de las calles de la Ciudad Universitaria, un detalle que hoy pasa inadvertido entre estudiantes, profesores y servidores administrativos de la UASD, fueron asignados o confirmados por el Consejo Administrativo del Distrito Nacional en 1956, raro que el documento no dice Ciudad Trujillo. De este u oeste están las avenidas Paulo III y Bernardo Correa y Cidrón, de norte a sur, la Santo Tomás de Aquino, la Dr. Cristóbal de Llerena y la Dr. José Núñez de Cáceres. Esto así, mientras que la vía principal, hoy Alma Mater, se adornaba desde septiembre de 1946 con un busto y llevaba el nombre de Doctor Rafael Leonidas Trujillo Molina, su primer doctor honoris causa. Probablemente, la inversión de casi cuatro millones de pesos en la construcción de dicha Ciudad, solo buscaba satisfacer de este modo el ego del déspota.