Luego de constituirse la República Dominicana en 1844 vinieron tiempos de organización, tanto por su primer presidente el general Pedro Santana como por el también presidente Buenaventura Báez, que transformaron el país poco a poco, también en el aspecto médico al reabrirse la Universidad y establecer mejores condiciones en los hospitales. Es en esta época del siglo XIX que vemos sobresalir a los doctores Basilio Íñiguez, Emeterio Betances, Julio Lyon y, más tarde al finalizar el siglo, al doctor Wenceslao Medrano. Se menciona también en las crónicas de la época al oculista cubano Alfredo Morales, quien se estableció en Santo Domingo en 1870 en la Clínica Cano, ubicada en la Plazoleta Las Mercedes.
En aquellos primeros años de la República del 1844 al 1861, el conocimiento médico era muy limitado, circunscrito a enfermedades externas del ojo, las cuales no eran muy estudiadas, aunque sí vemos descrita la ceguera por gonococo, la oftalmía, la uña (pterigium) y la catarata. Se hace mención de un curandero popular, Joaquín el Ciego, que vivía en el Cibao y curaba afecciones oculares con un agua “especial”; él mismo había quedado ciego por una conjuntivitis gonocócica. Algunos médicos extranjeros de Cuba y Venezuela realizaron cirugías oculares. La primera documentada en República Dominicana es de 1851, realizada por el doctor Pedro Delgado a un paciente de nombre Lorenzo Jirón. Posiblemente le hizo una reclinacion del cristalino, aunque en estos manuscritos de la época se menciona a Dorviel(?), que bien podría ser la cirugía planteada por Daviel en 1756. Recordemos que en la época no existía anestésicos ni antisepsia. De 1859 aparecen publicaciones del doctor Basilio Íñiguez en las que ofrece cirugía oftalmológica, con el comentario de que operaba de los ojos todos los días; la extracción la realizaba mediante reclinación, depresión o dilaceración de la cápsula. Posiblemente todos los métodos eran variaciones de la técnica de Daviel.
Los libros de Moscoso Puello nos relatan como era el procedimiento de entonces. La operación se realizaba con el paciente sentado o acostado. El día anterior al paciente se le frotaba el párpado con el extracto de la belladona para dilatarle la pupila. Más adelante se utilizó la técnica de mojar un papel con sulfato de atropina al 1% que se colocaba debajo del párpado y se cubría con apósitos mojados, no muy fuertes, para evitar que el cristalino luxado volviera a subir.
Hay poca información sobre los medicamentos empleados en la época, aunque ya se importaban del extranjero gran cantidad de preparados, algunos con nombres tan curiosos como el “jarabe pectoral de café de Arabia del Dr. Delangriener, para las afecciones del pulmón” que solamente pedirlo debía cansar al paciente. El periódico El Universal de Santo Domingo en 1872, reportaba que en la Botica Dominicana “habían recibido espejuelos superiores de cristal, espejuelos llamados conservadores, bañaderas de cristal para los ojos con figura de irrigadores y, la excelente leche antefélica”. La mayor parte de los tratamientos eran aplicados por los farmacéuticos, que los habían varios y buenos, ya que la mayoría de las farmacias eran quienes preparaban las fórmulas que ordenaba el médico.
Aunque algunas de las informaciones de la época son contradictorias, parece que el primer dominicano que estudió oftalmología fue el doctor Julio Jose Lyon, el cual nació en 1849 y se graduó de médico en 1887 en París, oteniendo su doctorado de la Facultad de Medicina de la Universidad de París. Su Exequátur es de fecha 20 de agosto de 1888. Estableció su consulta en la calle Las Mercedes 18, también como estomatólogo, por poco tiempo, ya que se trasladó a La Habana donde ejerció hasta su muerte en 1949.