Fue un correcto y honesto militar del Ejército Dominicano. Hijo de un alto militar de la Era de Trujillo. Fue el organizador e ideólogo del Movimiento de Militares Constitucionalistas del 24 de Abril de 1965. Su nombre ha quedado estampado como un héroe nacional por su valentía y coraje al enfrentar la intervención norteamericana de 1965, siendo uno de los primeros militares que se opuso al golpe de Estado contra el Gobierno del profesor Juan Bosch, el 25 de septiembre de 1963.
Rafael Tomás Fernández Domínguez, nació en la comunidad de Damajagua, Valverde, el 18 de septiembre de 1934, hijo de los señores Ludovino Fernández y Eminda Domínguez.
Al graduarse de bachiller, a los 18 años de edad, ingresó a la Universidad de Santo Domingo, a estudiar ingeniería civil. El 17 de marzo de 1953, abandonó los estudios e ingresó como raso. Su padre se negó a que abandonará los estudios. Ingresó a la Escuela de Cadetes, graduándose en Ciencias Militares, el 22 de agosto de 1955, siendo ascendido a Segundo Teniente.
El 22 de febrero de 1955, Rafael Tomás Fernández Domínguez se matrimonió con Alma Arlette Fernández Saba (1937—2000) y procrearon cinco hijos, que fueron Rafael Tomás (murió en un accidente de motocicleta), Oleka, Ludovino, Ingrid y Cesar Fernández y Fernández Su esposa mientras estuvo viva enalteció la figura y el legado de su esposo, a través de la Fundación coronel Rafael Tomás Fernández Domínguez e incluso llegó a publicar un libro Coronel Rafael Fernández Domínguez, soldado del pueblo y militar de la libertad. Escribió una columna en el periódico digital Acento.com.do, bajo el titulo de Paso al frente, durante varios años.
Realizó un curso de Computaciones Geodésicas, en la Escuela Cartográfica Fort Clayton, en la Zona del Canal de Panamá, en 1957.
Fue transferido del Ejercito Nacional a la Aviación Militar Dominicana, en 1957, siendo asignado a la Tercera y Quinta Compañías de Fusileros, a la Compañías de Tanques y en la Academia Batalla de Las Carreras, encargado de la biblioteca.
Fue ascendido a Primer Teniente, en abril de 1959 y en ese mismo año fue ascendido a Capitán y prest servicios en la Batería de Morteros del Centro de Enseñanzas de las Fuerzas Armadas. .
Fernández Domínguez y otros oficiales se resistieron a participar en acciones de represiones contra los presos políticos que eran recluidos en las cárceles del 9 y la 40, durante la dictadura de Trujillo.
En el Gobierno presidido por Juan Bosch, fue nombrado como director de la Academia Militar Batalla de Las Carreras, el 15 de junio de 1963.
Desde el derrocamiento del Gobierno de Bosch, el 25 de septiembre de 1965, el coronel Rafael Fernández Domínguez y otros militares se opusieron contra el Gobierno de facto del Triunvirato y restaurar al Gobierno de Bosch.
Fue el militar que integró al coronel Francisco Alberto Caamaño Deño al Movimiento Militar Constitucionalista.
Rafael Tomás Fernández Domínguez murió por la espalda y otros militares murieron en el asalto como Juan Miguel Román, el italiano Illio Capocci, Euclides Morillo y otros , el 19 de mayo de 1965, en Santo Domingo en la embocada que tendieron tropas del Gobierno de Estados Unidos del presidente Lyndon B. Johnson, tras el asalto al Palacio Nacional.
Se aprobó mediante ley No. 86—2013 del Congreso Nacional, de fecha 12 de julio 2013, la exaltación del coronel Rafael Tomás Fernández Domínguez al Panteón Nacional. Sus restos fueron llevados allí por una comisión encabezada por el presidente de la República, Lic. Danilo Medina Sánchez, en fecha 1 de noviembre de 2013.