Nació en Jacagua, Santiago, alrededor del año 1830. Hijo del Coronel y héroe de ambas guerras de 1844 y 1863, señor Juan Nepomuceno Núñez.
Se crió y desarrolló en los campos de sus padres, dedicado a la agricultura.
Al grito de Capotillo, el 16 de agosto de 1863, se integró ha dicho movimiento en unión de su padre. Le siguió los pasos a su padre en el manejo de las armas.
En diciembre de 1863 sustituyó a José P. Balcácer como Inspector de Jacagua, Santiago.
Su actuación en la Restauración fue de primer orden y, por esa razón, alcanzó el grado de general.
Fue al igual que su padre un defensor del Gobierno de Buenaventura Báez, en el Cibao.
Ocupó la Gobernación de Santiago.
Los últimos años de su vida se vinculó al gobierno dictatorial de Báez y defendió al mismo en varios frentes de batallas. No es merecedor de que sus restos vayan a estar como última morada en el Panteón Nacional. No califica.
El general Juan Evamgelista Núñez, murió en Jacagua, Santiago, 16 de diciembre de 1885.
El Poder Ejecutivo dispuso mediante el decreto número 2140 del año 1972 el traslado de los restos de éste en el Panteón Nacional, tal medida aún no ha sido cumplida.