Vino al mundo en la ciudad de Santo Domingo, el 27 de abril de 1845, hijo legítimo de los señores licenciado Benito Alejandro Pérez Fernández y María Josefa Matos Sepúlveda. El matrimonio Pérez—Matos procreó además los hijos: Josefa de Jesús, Benito Alejandro, Abelardo, María Dolores, Josefa Antonia y Amalia Pérez Matos.
José Joaquín Pérez, tuvo como profesor al Padre Fernando Arturo de Meriño, quien llegó a considerarlo como un hijo afectivo.
Desde temprana edad dio demostración de inteligencia e inclinación hacia las letras. Escribió poesías, destacándose en éste género. Fue un fino poeta y su poesía ha perdurado por su calidad poética. En nuestro parnaso ocupó un lugar preponderante, en su calidad de miembro del Romanticismo en el país.
Casó en primeras nupcias con María Eugenia Pérez Troncoso (hija de Jesús María Pérez Troncoso y de María Josefa de Jesús Troncoso) en Santo Domingo, el 14 de enero de 1865 y no procrearon hijos ; se volvió a casar en segundas nupcias con Ramona Díaz—Páez (hija de Enrique Díaz—Páez y Plácida Vala) en Santo Domingo, el 27 de junio de 1879 y tuvieron los hijos: Luisa Elminda, Dilia, Lila Aurora, María Idalia Ozema, José Joaquín y Luis Armando Pérez Díaz—Páez.
En 1868 se tuvo que ir al exilio y permaneció allí hasta el año 1874, en que regresó de nuevo al país.
Ejerció el periodismo a través de los periódicos: Gaceta Oficial, en 1874; El Porvenir, 1876; El Nacional, en 1880 y fundó junto al doctor Guillermo de la Fuente, La Revista Científica, Literaria y de Conocimientos Útiles, en 1983.
El reconocido crítico literario José Alcántara Almánzar ha acotado sobre él : “Pérez es un caso admirable en las letras dominicanas decimonónicas, no sólo por haberse iniciado con tino en el ejercicio de la literatura siendo aún un adolescente (su primer trabajo fue un soneto, compuesto en 1861, a raíz de la Anexión), y haber publicado aquí, en 1877, “el primer libro de versos de un solo autor”, sino por la coherencia, la extensión de su obra conjunta, cualidades que no le impidieron dedicarse también a la traducción (El arpa de Thomas Moore). Sin acudir a la rígida ampulosidad neoclásica o dejarse arrastrar mecánicamente por el turbión romántico, produjo una poesía de gran solidez estructural, como puede constatarse en Fantasías Indígenas, la más divulgada de sus obras” (Estudios de Poesía Dominicana. Santo Domingo, Editora Alfa & Omega, , R. D., 1979, páginas 31—32).
Se graduó de licenciado en Derecho en el Instituto Profesional de Santo Domingo, siendo autorizado por la Suprema Corte de Justicia, el 27 de mayo de 1881. En dicha profesión se destacó. También ejerció la notaría.
El profesor, médico–pediatra y poeta Mariano Lebrón Saviñon ha dicho que: “De los tres llamados “Dioses Mayores de la poesía “(Salomé Ureña de Henriquez, José Joaquín Pérez y Gastón Fernández Deligne), Pérez , fue el auténtico representante de los romanticismos en la República Dominicana”. (Clío Nos. 149 y 50, enero—diciembre, 1992 y enero—diciembre, 1993, página 95).
Entre los cargos que ocupó públicos, se pueden destacar: Oficial Mayor del Ministerio de lo Interior; Secretario de la Delegación Dominicana que pasó a la vecina República de Haití, en 1867; Diputado al Soberano Congreso Nacional; Oficial primero del Ministerio de Relaciones Exteriores; Miembro de la Asamblea Constituyente de 1874; Ministro de Justicia, Fomento e Instrucción Pública, en el Gobierno de Billini, en 1884; Juez de la Suprema Corte de Justicia y otros tantos.
Publicó las obras: Fantasías Indígenas, en 1877 (la Biblioteca de Clásicos Dominicanos de la Fundación Corripio, publicó Fantasías Indígenas y otros poemas, en 1989, con prólogo y notas de José Alcántara Almánzar); La industria agrícola, en 1882; La Lira de José Joaquín Pérez, en 1928; Obra poética, en 1970, publicada por su descendiente Carlos Federico Pérez.
El licenciado José Joaquín Pérez, murió en Santo Domingo, el 7 de abril de 1900.
El Poder Ejecutivo dictó el decreto número 116—89, de fecha 26 de marzo de 1989, que dispone el traslado al Panteón Nacional de los restos mortales de José Joaquín Pérez y de otros dominicanos.