Fue el padre de la Tercera República y gran conocedor de la historia política, económica y social del país.
Nació en la ciudad de Puerto Plata, el 4 de octubre de 1867, hijo natural reconocido del General Jacinto Peynado Tejón y Carolina Huttlinger.
Hizo sus estudios primarios en su ciudad. Su padre se lo llevó a Santo Domingo y allí lo inscribió en la Escuela Normal, dirigida por el Maestro puertorriqueño Eugenio María de Hostos. Siendo uno de los alumnos más predilectos del educador. El 28 de septiembre de 1884, se graduó en el primer grupo de Maestros Normales.
El 3 de agosto de 1885 se inició en el periodismo escribiendo un artículo junto a Miguel A. Garrido, bajo el título: “Guerra al tirano”, siendo ambos sometidos a la acción de justicia por el mismo.
En 1889 se graduó de licenciado en Derecho, en el Instituto Profesional de Santo Domingo, en donde presentó una tesis intitulada: “Influencia de los Principios Económicos en la Gobernación de los Estados”, se la dedicó a Eugenio María de Hostos.
Tan pronto terminó su carrera de Derecho se trasladó a Puerto Plata, junto a Américo Lugo y Francisco A. Ferreras, siendo ellos los primeros abogados graduados en ejercer en Puerto Plata.
Ejerció allí con brillantez y éxitos. Luego se fue a ejercer a Santo Domingo.
El 28 de mayo de 1893 contrajo nupcias con Carmen González y Roselló y procrearon cuatro hijos: Julio Francisco, Margarita, Carmen y Federico.
De acuerdo con el Lic. Joaquín Balaguer, Peynado: “ Bien pronto se le consideró como uno de los más hábiles abogados del país y como uno de los más sagaces jurisconsultos nacionales”.
Siguió incursionando en el periodismo y fue un aficionado de la Literatura en su juventud. Fundó la revista “EL Quisqueyano”, conjuntamente con Lucas T. Gitbbes, en 1885. Colaboró también en los periódicos “Listín Diario”, y “El Tiempo”. Dirigió la revista “Las Novedades, que se editaba en New York.
Entre los cargos que ocupó, están: Regidor y Presidente del Ayuntamiento de Santo Domingo en tres ocasiones; Enviado Extraordinario y Ministro Plenipotenciario de la República en Washington, en 1912; Ministro de Hacienda y Comercio, en 1916 y otros.
Es el autor, junto con el norteamericano Hughes, del Plan de Evacuación del Territorio Nacional para dar fin al Gobierno de Ocupación Militar Norteamericano, que existió en el país desde 1916—1924.
El licenciado Peynado fue candidato a la presidencia de la República en las elecciones de 1924 y reconoció el triunfo de su opositor, Horacio Vásquez Lajara.
Publicó varios ensayos : Discurso pronunciado en los juegos florales antillanos, celebrados en Santo Domingo, el 27 de febrero de 1916 ; Informe sobre la situación económica y financiera de la República Dominicana y el modo de solucionar sus problemas; Memorándum del entendido de evacuación de la República Dominicana por la fuerzas militares de los estados Unidos de América, concertado en Washington, D. C., en junio, 30 de 1922; Inconstitucionalidad de los actuales consejos de aduanas de la República Dominicana; Sobre la libertad provisional bajo fianza; Reparos críticos a tres sentencias de la Suprema Corte de Justicia ; Estatutos del Colegio de Abogados de Santos. La Fundación Peynado—Alvarez, ha patrocinado la publicación: “Papeles y Escritos de Francisco J. Peynado (1867—1933). Prócer de la Tercera República”, del Lic. Juan Daniel Balcácer, Editora Corripio, Santo Domingo, 1994, 664 páginas.
El Lic. Francisco J. Peynado, murió en París, Francia víctima de una neumonía, el 1 de enero de 1933, siendo traído al país su cadáver y enterrado en la Capilla de los Inmortales.
El Presidente de la República, Lic. Joaquín Balaguer mediante el decreto número 240, de fecha 24 de julio de 1972 ordenó que los restos de éste fueran llevados al Panteón Nacional, pero los descendientes de Peynado pidieron al Presidente no autorizar la exhumación de los restos del puertoplateño en el Panteón Nacional, la misma fue acogida. (Véase el substancioso artículo escrito por Juan Daniel Balcácer, bajo el ttulo: Notas para la historia del Panteón Nacional, publicado en la revista Rumbo, número 93, del 8 al 14 de noviembre de 1995, páginas 45 a las 48).