Perón fue derrocado en 1955. Se refugió en una cañonera y voló en un hidroavión hasta Paraguay. Fue recibido con honores por varios aviones en que incluso viajaba el dictador Stroessner. Vivió en Panamá y luego en Venezuela. Estando allí cayó Marcos Pérez Jiménez y buscó protección en la Embajada dominicana en Caracas.
Trujillo ordenó que se le agenciara el salvoconducto. Llegó aquí iniciando el 1959 y disfrutó de un tratamiento exquisito de parte de todos con quienes se relacionó. Formaron parte de su séquito su tercera esposa, Isabel, que llegó a gobernar Argentina y su secretario particular, Luis González Torrado, padre de un conocido empresario energético. Trujillo agradeció que en 1947, luego del desmantelamiento de Cayo Confites los americanos prohibieron venderle armas y Perón le suplió miles de fusiles.
En sus “Memorias de un Cortesano de la Era de Trujillo” Balaguer refiere que Perón “Siempre recurrió a mis servicios para todos los asuntos de índole personal en que no creyó necesaria la intervención de Trujillo”. Olfateando la caída del régimen Perón salió del país comenzando el 1961 y viajó a España en un vuelo pagado por Trujillo. Franco, ingrato con Perón olvidó los masivos embarques de trigo y la adulación a Evita durante su histórico viaje de 1947, condecorada con la Cruz de Isabel La Católica ante 500,000 personas y vitoreada en todas las ciudades españolas.
Con un generoso acuerdo comercial de pagos Perón palió la hambruna y con el Protocolo Franco-Perón mitigó el aislamiento internacional de España luego de la Guerra Civil. Empero, Franco ordenó que Perón aterrizara en Sevilla, no en Madrid y que no hubiera reportajes oficiales de ese viaje. La única vez que Franco saludó a Perón fue para despedirlo, en 1973. Comenzando su exilio en Nueva York, luego de asilarse en 1962 en la Nunciatura de Santo Domingo, Balaguer envió una carta a Perón fechada en julio 15, 1962 anunciándole la creación de su partido “Acción Social” que se convertiría en “Partido Reformista”
Estando ambos en desgracia Perón contestó rápidamente, en agosto 6, 1962, mediante una extensa misiva, con planteamientos doctrinarios sobre una “tercera vía” distinta al comunismo y al capitalismo. Resaltó las coincidencias programáticas del partido “Acción Social” con el justicialismo y concluyó en forma lapidaria: “Le felicito por su decisión y espero poderle felicitar por el éxito que descarto. A usted en Santo Domingo lo quieren todos y esa es su mejor plataforma. En política el hombre es todo, los hombres no son nada”. Aquí creíamos que Balaguer era un muerto político y Perón, viéndose en el espejo de Balaguer, le convenía creer que eso no era necesariamente cierto y que ambos retornarían al poder.
Atento al acontecer dominicano, el 27 de septiembre de 1963, dos días después del golpe contra Bosch, Perón envió a Balaguer, a mano, una nota que decía: “El insólito golpe de estado que ha cambiado la situación dominicana ha llenado en seguida nuestra imaginación hacia usted, como le explicará el coronel”. De seguro le remitió orientaciones verbales para capitalizar la situación y prepararse para volver al poder.
En febrero 1, 1967 ya Balaguer presidente, Perón le escribió: “quedarán siempre los perturbadores contumaces y, a esos, solo se los puede dominar mediante las represiones más duras” … “…tengo una profunda fe en su éxito. Solo me inquieta su profunda bondad y su estupendo sentido humanista que, en ocasiones pueden ser elementos negativos frente a la contumacia de la maldad esgrimida como sistema”.