En el Complejo de San Isidro residió el grueso del poderío militar dominicano desde 1955 hasta 1965.  Allí estaba emplazada la casi totalidad de las fuerzas aéreas, los destacamentos blindados y buena parte de la infantería mecanizada, amén de la escuela de oficiales y los centros de entrenamiento.

Temeroso de la concentración de poderío militar en tan poco espacio, el presidente Joaquín Balaguer se dedicó pacientemente a diseminarlo y ya para 1970 había sacado del lugar las fuerzas acorazadas, la artillería y los distintos regimientos de infantería, además de reducir la fuerza aérea a un nivel del que jamás se ha recuperado. Balaguer se vio precisado además, por sugerencias delos asesores militaresextranjeros, a reconfigurar el aparato militar creando y potenciando nuevas unidades especializadas en contrainsurgencia. Estas fueron el 6to. Batallón de infantería de montaña  (cazadores), con sede en Constanza, y el 9no. batallón de infantería de montaña  (Macheteros), con sede en Mao, posicionados ambos muy lejos de la Capital.

Pese a Juan Bosch haber contado con el decisivo apoyo de los remanentes trujillistas para lograr su elección como presidente de la Republica el 20 de diciembre de 1962, sus políticas lo enemistaron con las fuerzas armadas, de modo que en apenas meses se volvieron  opuestas visceralmente al primer gobernante democrático post Trujillo. Esta oposición, unida a otros factores, desembocó en el golpe de Estado del 25 de septiembre de 1963. Ese golpe se fraguó en San Isidro, donde conspiraban abiertamente sectores retrógrados de la Iglesia, las fuerzas armadas y el sector empresarial que anteriormente auspiciara el anti-trujillismo a ultranza,  o sea, el llamado Grupo Cívico.

Consumado el golpe, se conformó en San Isidro un centro de poder de dimensiones no vistas desde la época de Trujillo. Su líder era el general de brigada del ejércitoElíasWessin, bautizado por la prensa internacional como el hombre fuerte de San Isidro.

Las distintas fracciones del bloque de poder se mantuvieron en un equilibrio inestable que hizo crisis en enero de 1965 y alcanzó  su desenlace el 24 de abril  de ese año cuando estalló un movimiento cívico-militar que en pocas horas derrocó al gobierno de facto. Originalmente el único objetivo de aquel movimiento, conocido en la  historia como  movimiento  constitucionalista, era el  de restaurar a las legítimas autoridades ejecutivas y legislativas electas en 1962.  Sin embargo, los acontecimientos se desbordaron, desembocando en una rebelión de las clases subalternas urbanas que, si bien nunca llegaría a cuestionar el orden vigente, sumióal establecimiento social dominicanoen un serio trance.

Ante la rápida propagación de la  revuelta y el inminente colapso de las instituciones armadas del país, el presidente de Estados Unidos decidió lanzar una intervención militar directa,iniciada con  un impresionante despliegue de poderío aeronaval sobre la Capital  y completada con un aplastante desembarco de unidades anfibias y aerotransportadas.

El proceso que siguió a continuación condujo a la más aguda polarización político-social  de nuestra historia. De un lado los factores de poder locales subordinados al poder extranjero y del otro las fuerzas populares,  unificadas bajo el liderato político-militar de Juan Bosch y el coronel Francisco Caamaño. Sin   embargo, merced a su abrumadora superioridad militar, las fuerzasinvasoras lograron en pocas semanas la paralización y virtual derrota de las fuerzas populares.

Firmado el correspondiente acuerdo que puso fin a las hostilidades (llamado  Acta Institucional), que entró en vigencia el 3 de septiembre de 1965, los bloques beligerantes concurrieron a elecciones el 1º  de junio de 1966. Sus candidatos fueron:

  • Joaquín Balaguer, antiguo funcionario de la burocracia trujillista, en representación de la coalición de fuerzas del abanico social retrógrado, respaldadas por el  poder extranjero.
  • Juan Bosch, presidente derrocado en 1963, en representación de la coalición de fuerzas del abanico social progresista.

Las fuerzas populares afrontaron una nueva derrota. Joaquín Balaguer ganó las elecciones con 759,887 votos contra525,230 deJuan Bosch. En su libro de 2004 "Cómo los americanos ayudaron a colocar a Balaguer en el poder en 1966″ y su artículo del 29 de abril de 2005 en el diario Hoy“Cómo la CIA ayudó a Balaguer a ganar las elecciones de 1966”, Bernardo Vega dejó sentado claramente que hubo una masiva aplicación de poder contra la candidatura de Bosch.Una muestra de ello fue el resultado extremadamente dispar registrado en la mesa electoral que funcionó en San Isidro. Allí Juan Bosch obtuvo ¡dos votos!, que obviamente no correspondían a ningún ciudadano local sino a los dos valientes delegados del PRD y el PRSC que, llegados de quién sabe dónde, conformaron la mesa electoral.

En esa época el poblado de San Isidro, fuera de las instalaciones militares, se componía de casas alineadas a lo largo de unos dos kilómetros en la carretera Mella, desde la entrada a la base aérea y el centro de enseñanza hasta “el peso” (balanza situada en el kilómetro 18, donde se pesaban los camiones cargados de caña que se dirigían  al central Ozama). Se sabe que esa pequeña comunidad estaba formada por familias de militares y de ex militares; pero, ¡cero votos! Tal era el grado de polarización política en  aquellos días, resultado en parte  del largo proceso de demonización contra Juan Bosch.