Durante la ocupación militar norteamericana de 1916 se instauró un programa de salud similar al utilizado por los norteamericanos en Cuba y Panamá. En Julio del 1921 ocupa la recién creada Secretaria de Sanidad el Teniente Coronel doctor Isaac Reeves. Durante su gestión se produjo la incorporación de los Hospitales a ser dependencia del Estado y la inauguración de “La Colonia de Leprosos”. Los oficiales a cargo de la salud, se quejaban de la falta de colaboración de los ciudadanos, pero era un problema de rechazo puro y simple a las medidas implantadas por un gobierno militar de ocupación. Muchos de los ciudadanos de la época, afirmaban que pese a no tener “nada en contra” de los Estados Unidos de Norteamérica, exigían vehementemente la recuperación de la soberanía nacional y la salida de las tropas del país.
A partir de 1921 la situación en el país se deteriora económicamente y los aportes de la lotería y del gobierno a las instituciones sanitarias sufren una reducción de 60%. Al inicio del 1921 se agrava también la situación sanitaria ya que aparecieron epidemias de sarampión, influenza y fiebre tifodea. En 1919 Samuel Guy Inman, Secretario Ejecutivo del comité de cooperación con latinoamérica, presento un reporte sobre la situación en nuestro país en donde ofrecía datos de interés sobre la epidemia de influenza. Según su reporte, la epidemia entró al país desde Haití en 1918 y en noviembre de ese mismo año se reportaron en Barahona y Azua, 827 casos con 20 fallecimientos. En diciembre en el país se registraron 18,936 casos con 331 fallecidos. Además de Barahona y Azua, se registraron muchos casos en Montecristi, Puerto Plata, Santiago y La Vega. En 1920 se habían contabilizado 96,828 personas afectadas de influenza de las cuales fallecieron 1,654.
En el momento de empezar a aplicarse la nueva Ley de Sanidad, una de las prioridades era la vacunación. En 1920 se registró una importante epidemia de viruelas, cuyos primeros primeros casos se presentaron en Bonao. Se decía que esa epidemia venia de Haiti en donde la viruela estaba azotando la población. Había centros de cuarentena para los haitianos que querían ingresar al país. Se les tenia 14 días de vigilancia pagada por los ingenios que contrataban esa mano de obra. Se ordenó la vacunación de toda la población sobre todo en áreas como Barahona en donde se registraron muchos casos. Pese a ser la vacunación obligatoria los grupos nacionalistas opuestos a la ocupación militar pedían a la población que no se vacunara. La razón no era solamente política sino sanitaria ya que muchas de las vacunas que trajeron estaban aparentemente dañadas y que producían infección en muchos pacientes. Pese a los esfuerzos de las autoridades norteamericanas de afirmar que la vacuna era segura cerca del 40% de la población no se vacunó. En el 1921 mas de 200 personas fallecieron por la viruela y en 1922 todavía se reportaban casos de fallecimientos en la zona de Bani. Para explicar el alto porcentaje de la población que no se vacuno, hay que entender el rechazo por parte de las fuerzas nacionalistas y por otro lado el hecho de que la vacuna que fue gratuita durante el primer semestre del 1920, se exigió luego a los ciudadanos pagar por ellas, en momentos en que la situación económica era precaria. Además de que los recursos destinados a la salud fueron mínimos en el 1921 y 1922, influía el hecho de las diversas epidemias que estaban presentes en Haití.
Otro tema fundamental era sobre las enfermedades venéreas, una de las preocupaciones principales de los militares en la ocupación. Por esta razón el control de prostitutas era también prioritario. Debido a la mala situación económica de los primeros años del siglo XX, habían pocos prostíbulos.