En el periodo 2000-2004 llega de nuevo al poder el PRD, esta vez con Hipólito Mejía y con una correlación de fuerza a su favor en el Congreso. Es decir, tenía mayoría congresual abrumadora. Sin embargo, corre sobre los mismos rieles dejados por administraciones anteriores en el Estado en cuanto a la debilidad institucional, al presidencialismo y a la pobre gobernabilidad.
Selló toda persecución contra la administración anterior, salvaguardando al ex presidente Leonel Fernández quien implementó sin marco legal e institucional el Programa de Empleos Mínimos Eventuales (PEME) por lo cual se había encaminado un expediente en la justicia, con ello amplió el manto de la impunidad para todos los demás casos de corrupción, siguiendo el mismo curso histórico del “borrón y cuenta nueva” establecido por el Prof. Juan Bosch en 1962.
Al respecto sostiene Luis Mayobanex Rodríguez (Radhames) dirigente de Alianza País en los Estados Unidos en su artículo “El no ha lugar a favor de Félix Bautista no le salva de la condena moral de la sociedad” de fecha 21 de octubre de 2015: “al someter el Poder Judicial a la voluntad y la estrategia de sectores políticos se lesiona sensiblemente la institucionalidad democrática. Se demuestra, a la vez, la pervivencia en la sociedad de hoy del espíritu y del estilo de gobernar del dictador Rafael Trujillo”.
Importantes reformas estructurales de carácter social, que se realizaron en ese periodo, estuvieron supeditadas a las políticas recomendadas por el Fondo Monetario Internacional (FMI) Banco Mundial (BM) y Banco Interamericano de Desarrollo (BID), enfocadas a privatizar todas las funciones del Estado, incluyendo la asistencia social. Cabe destacar, entre otras, la ley 87-01 que crea el Sistema Dominicano de Seguridad Social, de aparente avance de la sociedad, pero en términos normativos, porque en lo financiero es acaparada en la Salud, (entró en vigencia siete años después) por las Administradoras de Riegos de Salud (ARS), en el Sistema Previsional o Pensiones por las Administradoras de Fondos de Pensiones. (AFP), detrás de las cuales están los Bancos y el Seguro para Riesgos Laborales, este último, junto al Sistema de Seguridad Social han sido sometidos a “sistemáticas reformas”, que han disminuido, encarecido las prestaciones y servicios que han debido recibir los usuarios.
En abril del 2003, sin consultar a la población envió 602 soldados dominicanos a combatir en Irak, respondiendo a peticiones y solicitud del Gobierno Norteamericano encabezado por Jorge Busch, un atentado contra otro pueblo soberano y lesionó la patria de Duarte. Este hecho contó con la renuncia del Canciller, Dr. Hugo Tolentino Dipp, noble y patriótico gesto.
Del mismo modo se entregaron los depósitos a los ahorrantes por encima de los RD$500.000.00 que establece la ley en el defalco bancario del BANINTER y se traspasó al Banco Central el déficit producido. En definitiva la población está pagando ese dinero y como si fuera poco, el Congreso de mayoría perredeistas declaró a Balaguer Padre de la Democracia, intento vano, de eternizar su existencia como demócrata, que nunca lo fue.
Otro acto reñido con la gobernabilidad y la institucionalidad, lo fue el proyecto releccionista, la corrupción y el descaro se hicieron presentes comprando voluntades en el Congreso Nacional. Milagros Ortiz Bosch, su Vice-presidenta y alta dirigente del PRD, expresó el 20 de mayo de 2013 en el Nuevo Diario: “Fue un error terrible de Hipólito Mejía la reelección, un error grave y él lo reconoce, él es de los pocos líderes políticos que reconoce sus errores y en ese error lo acompañaron dirigentes políticos de mucho valer en el Partido Revolucionario Dominicano, yo misma cometí un error porque negocie para que se creara la modernización del partido, yo misma di un discurso que lo que dije fue un disparate y debo reconocerlo”. A decir de la politóloga Rosario Espinal, “Los fracasos del PRD conllevan grandes costos para la Republica Dominicana, porque el país ha quedado huérfano de un referente progresista que dinamice la democratización”. Estudio de Participación Ciudadana 26-05-2009.