En el periodo 1996 al 2000 gobernó el Dr. Leonel Fernández Reyna, como resultado de la alianza entre el PLD y el Partido Reformista llamada Frente Patriótico. Sectores de ideas avanzadas cifraron esperanzas en esta gestión, debido a que era el presidente más joven que había registrado la historia del país, forjado como político en las luchas por la democracia y la justicia, luego de liquidada la dictadura. Pero además, un asiduo expositor en diferentes escenarios del país, de sus ideas democráticas, defensor de derechos humanos, libertades públicas, justicia social y sobre todo, se le vio como un alumno aventajado del Prof. Juan Bosch.
Las injerencias en los poderes del Estado no se hicieron esperar. Se cita la cancelación del Fiscal del Distrito Nacional Dr. Guillermo Moreno en septiembre de 1997, lo cual se considera un acto grosero y de gran irrespeto a la independencia de los poderes, a la institucionalidad y a la buena gobernabilidad. Según ha explicado el mismo Dr. Moreno, la dificultad se generó porque investigó e instrumentó un expediente acusatorio contra a la familia Antun Batlle por fraude en la Lotería Nacional, también por la página en blanco sobre el crimen del periodista Orlando Martínez dejada en el libro la Era de un Cortesano de Joaquín Balaguer, por entender que este se auto incriminaba y para interrogarlo debía ir a su despacho, no cediendo valientemente a las presiones presidenciales para que abandonara los casos. El gobierno y el país perdieron un prestigioso profesional del derecho, recto y ético.
Otro hecho de actitudes presidencialista y de personalismo, de irrespeto a la institucionalidad, fue el desconocimiento de la decisión del Senado de la República que designó un nuevo Secretario General de la Liga Municipal Dominicana en 1998, del entonces opositor Partido Revolucionario Dominicano, recurriendo a la fuerza militar para evitar su toma de posesión y lo mismo ocurrió con la escogencia de los jueces para la Junta Central Electoral.
En su gobierno se dió inicio y ejecutó todo un proceso de Reformas, supuestamente para “modernizar” al Estado dominicano, que culminaron en un proceso de privatización de todas las empresas estatales, respondiendo a dictámenes del Banco Mundial y del Fondo Monetario Internacional. En el caso de la entonces, Corporación Dominicana de Electricidad se procedió a la capitalización, mediante la venta de la mitad de sus acciones al sector privado, el cual invirtió más de 640 millones de dólares, sin que hasta hoy, se sepa su paradero.
Definitivamente estableció la doctrina neoliberal del desarrollo económico, redujo el rol del Estado a simple regulador, pero sin garantías ningunas, por la debilidad institucional heredada. Abandonó lo poco que tenía el Estado de protector de los más débiles, lo que acrecentó la pobreza y las protestas sociales en todo el país.
Estas reformas determinaron la naturaleza neoliberal de su gobierno, en el cual fue predominante el presidencialismo sobre la institucionalidad. Orientó el desarrollo económico hacia la economía de servicios, turismo y zona franca, incluso se aprobó mediante ley en 1997 el 4% del PIB para educación y nunca lo cumplió.
En su gobierno las denuncias de corrupción fueron constantes, siendo uno de los casos más sonado el del Programa de Empleos Mínimos Eventuales (PEME), encabezado por el ex secretario de estado sin cartera Luis Inchausti; en el cual se detectaron más de 3 mil personas que cobraban con cédulas falsas, entre los que se encontraban altos dirigentes del PLD, funcionarios. Así mismo, se inició el pago a los miembros de los Comité de Base del PLD, llamado la “Nominilla”. Tampoco se esclareció el caso de la desaparición de su compañero y profesor de la UASD Narciso González (Narcizaso) en el periodo anterior del Dr. Balaguer.
Cuando la presión social y de opinión publica se hicieron sentir, pidiendo justicia, el expresidente se destapó con que “era mejor pagar para no matar”.