La salida de los Trujillo hacia el exilio, el 18 de noviembre de 1961 y la esporádica revuelta de oficiales de la Fuerza Aérea, permitieron al doctor Balaguer el aparente afianzamiento de su gobierno y apresurar las negociaciones con los partidos de la oposición, que presionaban ante el Departamento de Estado de los Estados Unidos para que las autoridades dominicanas tomaran medidas que facilitaran el clima de libertad que se comenzaba a vivir.
El 21 de noviembre llegó desde Washington una nueva comitiva de la OEA con el fin de investigar la situación política nacional y tratar con el gobierno los problemas que días antes habían denunciado Viriato Fiallo y Manolo Tavárez Justo; los líderes de la Unión Cívica Nacional y del Movimiento Revolucionario 14 de Junio que visitaron los Estados Unidos. Los miembros del organismo internacional visitaron al presidente Balaguer en su despacho el día 22, mientras buques de guerra americanos se encontraban en la costa dominicana en actitud abiertamente intervencionista.
Mientras tanto, los principales dirigentes de la UCN, del 1J4 y del Partido Revolucionario Dominicano se entrevistaron en Palacio con el doctor Balaguer y presionaron la formación de un gobierno provisional, buscando una solución de consenso a la crisis política que se vivía, a la vez que convocaron a una huelga general que se inició el día 27 noviembre y que finalizó el 9 de diciembre. Los titulares del periódico gobiernista La Nación, permiten apreciar la situación que se vivió en medio del paro general: “El presidente Balaguer lucha contra la huelga general”, “Huelga paraliza capital; tropas patrullan las calles”, “Usa bombas lacrimógenas contra manifestantes hoy”, “Fuerzas Armadas disparan para contener las turbas”, “Capital dominicana sigue agitada 3er día de huelga”, “dispersan turbas frente al palacio nacional hoy”, “Doctor Tavárez Justo cree gobierno encara resultados de huelga”.
El Consejo de Estado:
El 17 de diciembre la huelga llegó a su fin, con el compromiso del presidente de que los partidos de oposición participarían en la formación de una junta de gobierno integrada por ciudadanos eminentes, respetados en todo el ámbito nacional por sus virtudes cívicas. Ese gobierno, dijo Balaguer, permitiría la transición pacífica del sistema totalitario a otro de democracia representativa, lo que de inmediato fue apoyado por varias instituciones y gremios profesionales, pero reclamando a Balaguer la pronta ejecución de lo acordado.
La movilización popular y la presión internacional obligaron a una salida de consenso pactada entre las fuerzas cívicas y los remanentes del trujillismo. Un Consejo de Estado integrado por siete miembros y encabezado por el doctor Joaquín Balaguer gobernó República Dominicana a partir del 1 de enero de 1962, con carácter de gobierno provisional, comprometiéndose con las reformas democráticas. De esa manera miembros prominentes de la UCN pasaron a ser parte del Consejo de Estado. A él se integraron Rafael F. Bonnelly como primer vicepresidente; Eduardo Read Barrera, segundo vicepresidente, y Monseñor Eliseo Pérez Sánchez, Nicolás Pichardo, Luis Amiama Tió y Antonio Imbert Barrera, como miembros. Tanto Imbert como Amiama estaban implicados directamente en la muerte de Trujillo. La formación del gobierno colectivo, que evidentemente favoreció a quien había acompañado al dictador desde la presidencia, permitió que la Organización de Estados Americanos levantara, el 4 de enero de 1962, las sanciones económicas y diplomáticas que pesaban contra el país desde el 20 de agosto de 1960; pero esto no logró detener las protestas callejeras con las que el pueblo exigía que Balaguer abandonara la presidencia. Las consignas retumbaban en las calles contra la permanencia de Balaguer en el gobierno, desde las últimas semanas de diciembre: “Balaguer, Balaguer, muñequito de papel”; “Navidad con libertad” y “Navidad sin Balaguer”, y en enero de 1962 se convirtieron en clamor nacional.
El Consejo de Estado promulgó la ley de autonomía universitaria el 8 de enero de 1962, a la que Balaguer se oponía personalmente. Además, el Consejo inició la “destrujillización” de la sociedad, plan con el que supuestamente se intentaba borrar la simbología de la dictadura; se expulsó del cuerpo diplomático a los que públicamente se habían destacados como seguidores del tirano y se dio inicio al proceso de confiscación de los bienes de los Trujillo. Además, fueron restablecidas las relaciones con los Estados Unidos, suspendidas desde 1960.
Los tres días de gobierno de Rodríguez Echavarría: 
La situación de crisis no cedió ni siquiera en los días navideños y el 16 de enero de 1962 se ampliaron las protestas en todo el país. Dentro de las Fuerzas Armadas, grupos que parecían antagónicos se encaminaban a favorecer salidas políticas. La situación resultó crítica cuando tropas de la Aviación Militar Dominicana reprimieron una manifestación que se efectuaba en el Parque Independencia, frente al local de la Unión Cívica Nacional. La acción represiva en la que fueron utilizados tanques de guerra y tropas militares, además de policías, dejó un saldo de cinco muertos y veinte heridos, provocando protestas callejeras en las que se reclamaba la renuncia del doctor Balaguer y la destitución del Mayor General Pedro Rafael Ramón Rodríguez Echavarría, a quien se sindicaba como responsable de la medida de fuerza; pero la orden criminal había procedido del presidente de la República.
La situación fue parcialmente controlada cuando se dispuso el toque de queda a partir de las 6:30 de la tarde de aquel día. En horas de la noche del 16 de enero el General Rodríguez Echavarría ejecutó un golpe de Estado contra el Consejo de Estado (Rafael F. Bonnelly acusó a Balaguer de intentar un autogolpe) y formó una Junta Cívico-Militar, presidida por Huberto Bogaert e integrada por Armando Oscar Pacheco, Luis Amiama Tió, Antonio Imbert Barreras, Contralmirante Enrique Valdez Vidaurre, y el Coronel Neit Rafael Nivar Seijas. La asonada militar terminó por poner fin al liderazgo del doctor Balaguer en el Consejo de Estado, quien se refugió en la Nunciatura Apostólica la noche del 20 de enero, permaneciendo en condición de asilado hasta el 7 marzo de 1962 cuando salió hacia Puerto Rico.
Un nuevo Consejo de Estado pero sin Balaguer:
La crisis política y las protestas no finalizaron con la acción golpista del mayor general Pedro Rafael Ramón Rodríguez Echavarría, por el contrario a partir del día 18 de enero se inició un movimiento de resistencia popular contra la Junta Cívico-Militar que este había juramentado el 16 de enero. La reacción popular se manifestó a través de la renuncia masiva de los funcionarios y empleados de la administración pública y la paralización de las actividades sociales y económicas en todo el país, mientras sectores militares se rebelaban y ejecutaban un contragolpe contra el efímero gobierno de Rodríguez Echavarría, quien salió deportado del país en la mañana del 7 de marzo de 1962.
El viernes 19 de enero el país amaneció con un nuevo Consejo de Estado integrado por miembros destacados de la Unión Cívica Nacional, presidido por el abogado Rafael F. Bonnelly, el doctor Donald J. Read Cabral, Nicolás Pichardo, Monseñor Eliseo Pérez Sánchez, Eduardo Read Barreras, Luis Amiama Tio y Antonio Imbert Barrera.
En marzo de 1962 el Consejo de Estado entró en crisis cuando Read Barreras renunció, siendo su lugar ocupado por el doctor José A. Fernández Caminero, quedando el nuevo gobierno integrado de la siguiente forma: Rafael F. Bonnelly como presidente; Víctor Elbys Viñas Román, Secretario de las Fuerzas Armadas, Ángel Severo Cabral en Agricultura, Antonio Rosario en Trabajo, Mario Penzo Fondeur en Obras Públicas, Edmundo Batlle Viñas en la Secretaria para la recuperación de los bienes, Eduardo García V., Procurador General, Ramón Tapia Espinal en Industria y Comercio, Hostos Fidel Fernández Naranjo en Salud y Previsión Social, Germán Ornes en Educación, José A. Bonilla Atiles en Relaciones Exteriores y M. Tabaré Álvarez Pereyra Secretario de Interior y Policía.
Entre las principales medidas adoptadas por el gobierno presidido por Bonnelly sobresalieron: el cambio de los billetes de banco de moneda nacional de 50, 100 y 1,000 pesos. Se pusieron en circulación billetes de bajas denominaciones de 5, 10 y 25 centavos, y se creó la Dirección Nacional de Seguridad, que reemplazó la Agencia Central de Información, remedo de lo que fue el Servicio de Inteligencia Militar. Se promulgó la ley de Emergencia número 5819 del 20 de febrero, para permitir la deportación de todo el que fuera acusado de actividades subversivas, como sucedió con Miguel A. Paulino y otros ex oficiales de las Fuerzas Armadas. Esta ley fue denunciada por Manolo Tavárez Justo como parte de un plan del gobierno y de los trujillistas para dividir las fuerzas populares, y fue una de las medidas impuestas por los Estados Unidos como condición para el país recibiera un préstamo de 25 millones de dólares. Tavárez Justo denuncio además, la existencia de una lista preparada por autoridades americanas en la que aparecían los nombres de las personas que no podían vivir en la República Dominicana.
A través de las leyes 5834 y 5836 de principios de marzo, se inició el proceso de recuperación y confiscación de los bienes de los Trujillo; pero el 8 de marzo se reiniciaron las protestas contra el gobierno en repudio por haber permitido la salida de Joaquín Balaguer al extranjero sin que fuera juzgado en el país. En esa ocasión los manifestantes atacaron los locales de la Unión Cívica Nacional y del Partido Revolucionario Social Cristiano, colaboradores del Consejo de Estado.
En relación al gobierno de los Estados Unidos, representado por su nuevo embajador John Bartlow Martin desde el 9 de marzo, el Consejo presidido por Rafael F. Bonnelly firmó el acuerdo para la implementar del programa de cooperación y ayuda en las Fuerzas Armadas. Además, el Consejo de Estado obtuvo un préstamo financiado por la Agencia para el Desarrollo Internacional (AID), contemplado en el programa de la Alianza para el Progreso, de 25 millones de dólares. También inició la repartición de tierras entre los campesinos pobres en la hacienda Juma de Bonao y se firmó un acuerdo con la Alianza para el Progreso para asentar familias campesinas de Juma, Caracol y La Vega.
El país ingresó como miembro a la Comisión Interamericana de la OEA y obtuvo el favor de los Estados Unidos, con la asignación de una cuota azucarera de 350 mil toneladas; la más importante obtenida por la nación hasta ese momento y además logró que las autoridades norteamericanas devolvieran a la República Dominicana unos 23 millones de pesos que fueron retenidos a consecuencias de las sanciones económicas de 1960. Descontando las medidas económicas apadrinadas por los americanos, la más importante del período fue la organización de las elecciones generales del 20 de diciembre de 1962.
La coyuntura electoral de 1962:
Cuando a mediados de julio de 1962 la Unión Cívica dejó de ser movimiento patriótico para convertirse en Partido, el Movimiento Revolucionario 14 de Junio también hizo lo mismo. Entre los líderes del partido de izquierda se encontraban Miguel Vásquez Fernández, Tomas Josué Erikson, Félix Echavarría, Manuel Baquero Ricart, José Fernández Caminero y Ramiro Alfredo Manzano Bonilla. El 1J4 rechazó la integración de sus miembros en la UCN aunque dio libertad de cooperación con ese partido, pero sin compromisos. Además, debido a las acusaciones de comunistas de que eran objetos, se desligaron de esa ideología, planteando que tenían fe en la democratización, y que rechazaban las doctrinas extremas y la violencia.
En la medida que los sectores políticos participaban de la campaña electoral, las protestas fueron perdiendo intensidad, aunque en los meses de julio y septiembre de 1962 se realizaron algunas huelgas de trabajadores de ingenios de la región Este; pero todos los sectores tenían puesta su atención en el certamen electoral. Con ese fin, la primera agrupación política en inscribir sus candidatos en la Junta Central Electoral lo fue el Partido Revolucionario Dominicano. El 10 de marzo el Profesor Bosch salió del país en forma inesperada, debido una crisis interna en el PRD, pues un sector exigía la descentralización en la organización. El 22 de marzo fue inscrita su candidatura y el 8 de abril el PRD realizó un recibimiento multitudinario al Profesor Juan Bosch, a su regresó del extranjero.
Por otro lado, seguidores del doctor Joaquín Balaguer, quien se encontraba en el exilio, impedido de ingresar al país debido a la ley antitrujillista no.5880, del 3 de mayo de 1962, decidieron organizar el Partido Revolucionario Dominicano Autentico, dirigido por Nicolás Silfa. Esta agrupación y el Partido Acción Social presentaron al expresidente como candidato a la presidencia, lo que creo un gran revuelo. Nicolás Silfa fue detenido por violación a la ley que sancionaba las actividades trujillistas, quedando descartada la candidatura del doctor Balaguer.
Entre los partidos existentes al momento de las elecciones generales se encontraban: la Alianza Social Democrática, con el liderazgo de Juan Isidro Jimenes Grullon; el Movimiento Revolucionario 14 de Junio encabezado por Manuel Aurelio Tavárez Justo; Movimiento Popular Dominicano, dirigido por Máximo López Molina; el Partido Nacional con Virgilio Vilomar, y el Partido Nacional Revolucionario Dominicano, dirigido por Miguel Ángel Ramírez y Virgilio Mainardi como candidato. También actuaban en la política de entonces: el Partido Socialista Popular (PSP), dirigido por Juan Ducoudray; el Partido Nacionalista Revolucionario (PNR), dirigido por el Profesor Dato Pagan Perdomo y Corpito Pérez Cabral; Vanguardia Revolucionaria Democrática (VRD), de Horacio Julio Ornes, y la Unión Cívica Nacional, que llevó como candidato a la presidencia al doctor Viriato A. Fiallo. El Partido Revolucionario Social Cristiano (PRSC), presentó como candidato al doctor Alfonso Moreno Martínez.
Los preparativos de los grupos políticos para participar en las elecciones se iniciaron en medio de un clima de inseguridad y conflictos diplomáticos. El 8 de marzo fueron atacados los locales de la UCN y el PRSC y el 22 el local del PRD, mientras que las relaciones entre República Dominicana y Haití se tornaron tensas debido a que en el territorio haitiano, se decía, se estaban concentrando allegados a la familia Trujillo, interesados en la posibilidad de un golpe de Estado en República Dominicana. Desde el 31 de marzo comenzaron los desórdenes callejeros y tiroteos en San Cristóbal, Puerto Plata, y la Capital, con un saldo de varios heridos y detenidos. El 23 de abril fueron detenidos varios oficiales y acusados por el Consejo de Estado de organizar un complot para derrocarlo. La prensa publicó que entre los detenidos estaban el Coronel Raimundo Polanco Alegría, el Teniente Manuel Durán Guzmán y el Teniente Fausto Cabrera Felipe.
La situación se hizo más tensa cuando el Profesor Bosch denunció, el 24 de abril, que existía un complot preparado por los trujillistas, en el que estaban implicados civiles y militares del bando balaguerista; esto provocó que se apresara a un grupo de supuestos conspiradores entre los que estaban Rafael Vidal Torres y Víctor Garrido.
La crisis pre electoral, que evidentemente se reflejaba a lo interno del Consejo de Estado y de la Unión Cívica Nacional, fue acompañada de una declaración del embajador americano en la que recordaba que los Estados Unidos respaldaban la transición hacia la democracia de la República Dominicana. En aquellos días, el intelectual Juan Isidro Jimenes Grullón renunció de la Unión Cívica Nacional para formar su propia organización. La UCN retiró por algunos días su apoyo al Consejo de Estado, acusándolo de no cumplir los acuerdos firmados.
Al final las elecciones fueron celebradas en la fecha prevista, el 20 de diciembre de 1962, polarizándose la votación entre las dos principales partidos políticos del momento; la Unión Cívica Nacional y el Partido Revolucionario Dominicano. Juan Bosch, candidato perredeista derrotó a Viriato A. Fiallo de la UCN, y aunque se dieron algunas situaciones preocupantes, como la “matanza de Palma Sola” del 28 de diciembre del mismo año, y un supuesto complot para evitar la toma de posesión de Juan Bosch, denunciado por el PRD el 24 de enero de 1963, el líder de ese partido ocupó la primera magistratura a partir del 27 de febrero de 1963, concluyendo así el intenso período de transición entre la dictadura y la democracia en la República Dominicana.