Cardoso Moreira había sido detenido en 2003, cuando la policía encontró 13,4 kg de cocaína escondidos en su ala delta.
Brasil llamó a consultas a su embajador en Indonesia, tras confirmarse este domingo la ejecución en ese país asiático de un ciudadano brasileño por cargos de narcotráfico.
La presidenta Dilma Rousseff dijo estar "consternada e indignada".
Marco Archer Cardoso Moreira, de 53 años, había sido detenido en 2003, luego de que la policía encontrara en el aeropuerto de Yakarta 13,4 kg de cocaína ocultos en tubos de un ala delta de su propiedad.
Brasil dijo que Cardoso Moreira es el primer ciudadano brasileño en haber sido ejecutado en el extranjero y que el hecho perjudica las relaciones con Indonesia.
Otros cinco detenidos de Indonesia, Malawi, Nigeria, Vietnam y Holanda (cuyo embajador también fue llamado a consultas) fueron ejecutados el domingo.
Todos estaban sentenciados por tráfico de drogas y enfrentaron un pelotón de fusilamiento pasada la media noche del sábado (hora local) en la provincia de Java Central.
"Efecto disuasorio"
Indonesia tiene una de las legislaciones más duras contra el tráfico de drogas.
Rousseff le pidió al presidente indonesio que conmutara la pena, pero su solicitud fue rechazada.
En 2013, después de una moratoria no oficial de cuatro años, el país reinició las ejecuciones de prisioneros.
El fiscal general de Indonesia, el general Muhammad Prasetyo, dijo: "Esperamos que esto tenga un efecto disuasorio".
El presidente Joko Widodo había prometido no mostrar clemencia a los criminales vinculados con el narcotráfico, porque ellos arruinaron la vida de muchos.
"Otra oportunidad"
El viernes Rousseff había pedido clemencia para el brasileño, pero la solicitud fue rechazada por Widodo.
Ella le había dicho a su homólogo indonesio que respetaba la soberanía y el sistema judicial de su país, pero que como madre y jefa de Estado estaba haciendo un pedido por motivos humanitarios.
El presidente de Indonesia, Joko Widodo, había dicho que no mostraría clemencia a los criminales sentenciados por narcotráfico.
Brasil dice que Widodo dijo entender la preocupación de la presidenta, pero que no podía conmutar la sentencia, ya que se había seguido el proceso legal correspondiente.
La ONG humanitaria Amnistía Internacional le había pedido al gobierno indonesio que detenga las ejecuciones de inmediato y que eventualmente llegue a abolirla.
En un video grabado por un amigo, Cardoso Moreira dijo estar arrepentido de haber intentado contrabandear cocaína a Indonesia.
"Sé que cometí un grave crimen, pero creo que merezco otra oportunidad; todos cometemos errores".
Otro brasileño condenado en Indonesia
Pese a que Cardoso Moreira es el primer brasileño en ser ejecutado en el exterior, otro compatriota suyo, Rodrigo Muxfeldt Gularte, también está en el corredor de la muerte en ese país asiático, también por narcotráfico.
La familia de Gularte asegura que el brasileño desarrolló problemas mentales en prisión.
Sin embargo, y pese a las gestiones fallidas de la presidenta Rousseff, la familia de Muxfeldt Gularte se aferra a un informe médico para tratar de evitar que corra la misma suerte de Cardoso Moreira.
Según la prensa brasileña, la defensa del surfista de 42 años que lleva casi diez detenido en el país asiático tratará de frenar su ejecución, cuya fecha oficial aún no ha sido anunciada, por un diagnóstico médico de esquizofrenia.
El brasileño fue detenido en Indonesia en 2004 cuando intentó entrar al país con 6 kilos de cocaína escondidos en tablas de surf y condenado al año siguiente a pena de muerte.
Según la prensa indonesia, el hombre intentó suicidarse un año después prendiendo fuego a su propio cuerpo, pero esa información no ha sido confirmada por la familia.
Brasil abolió la pena de muerte cuando se convirtió en una república, en 1889.