El banco reconoció que haber incurrido en "serias tergiversaciones".
JP Morgan estaba bajo investigación por vender títulos hipotecarios riesgosos a inversores que no estaban al tanto de que en ocasiones contenían "hipotecas basura".
El gobierno afirma que esas prácticas allanaron el camino al desencadenamiento de la crisis financiera hace cinco años.
"Nos agrada haber concluido este extensivo acuerdo", dijo el presidente de JP Morgan, Jaime Dimon, en una declaración escrita.
Unos US$4.000 millones del acuerdo serán destinados a los propietarios perjudicados por las prácticas de JP Morgan.
Alrededor de US$7.000 millones irán a cubrir indemnizaciones por las malas prácticas a la hora de vender títulos hipotecarios. Una parte irá a los inversores que perdieron dinero.
Los otros US$2.000 millones serán destinados al gobierno federal en concepto de multa.
"La conducta puesta de manifiesto por la investigación ayudó a sembrar las semillas de la crisis hipotecaria", dijo el fiscal general, Eric Holder.
Aunque el acuerdo pone fin a la investigación por responsabilidad civil abierta por el gobierno, el Departamento de Justicia continúa con el proceso penal.
Hipotecas defectuosas
Dimon expresó su satisfacción por el acuerdo.
JP Morgan se ha esforzado en superar la crisis hipotecaria de 2006-2007. El banco ha sido investigado por vender títulos avalados por hipotecas de baja calidad a inversores que no sabían que lo que adquirían solía tener hipotecas defectuosas.
Según declaró el Departamento de Justicia: "Los empleados de JP Morgan sabían que los préstamos en cuestión no cumplían con los estándares y no eran apropiados para ser convertidos en títulos, pero lo permitieron y lo vendieron sin informar a los inversores".
Una alta parte de las hipotecas investigadas por las autoridades fueron adquiridas por JP Morgan cuando compró los bancos Bear Stearns y Washington Mutual.
JP Morgan considera que a esas entidades se les puede atribuir el 80% de los préstamos nocivos objeto del acuerdo para pagar la multa.
Y sube
La multa representó una fuerte caída para JP Morgan, conocida por la "fortaleza de sus balances" y la reputación de entidad tradicionalista en Wall Street.
Dimon también fue en su momento el favorito de los políticos de Washington y hasta llegó a ser elogiado por el presidente, Barack Obama.
El mandatario le dijo a la cadena ABC en 2009 que "hay muchos bancos que están bien manejados, siendo JP Morgan un buen ejemplo".
"No creo que Jamie deba ser castigado por hacer un buen trabajo gestionando una cartera de activos enorme", dijo Obama.
Pero todo eso parece haber cambiado en los últimos meses.
El mes pasado, el banco aceptó pagar US$1.000 millones para que terminaran varias investigaciones sobre la debacle en las negociaciones de valores de 2012 conocida como "la ballena de Londres", en la que perdió más de US$6.000 millones y levantó dudas sobre los procedimientos de supervisión.
Obama llegó a hablar bien de JP Morgan, pero eso ha cambiado.
La empresa también reportó una inhabitual pérdida el trimestre pasado, y tuvo que destinar otros US$9.000 millones para afrontar sus crecientes problemas legales.
JP Morgan dice que ha destinado US$23.000 millones a las muchas investigaciones de los reguladores de los mercados tanto en EE.UU. como fuera.
Lo peor queda atrás
Sin embargo, los inversores parecen seguir creyendo que el banco saldrá relativamente ileso de las multas.
"El precio de las acciones está marcando un máximo de la década", le dijo a la BBC Duff McDonald, autor de un libro sobre JP Morgan.
"Si bien a nadie le agrada una multa, especialmente de esta magnitud, creo que los accionistas están respondiendo positivamente porque termina con cierta incertidumbre", agregó.
Mientras el acuerdo supone que atrás quedan las peores multas, sin embargo, todavía continúan abiertas nuevas investigaciones.
Esas investigaciones incluyen las políticas de contratación en China, así como las acusaciones de que manipuló el índice Libor.